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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ixj
タイトルCrystal Structure of d(GCGAAAGCT) Containing Parallel-stranded Duplex with Homo Base Pairs and Anti-Parallel Duplex with Watson-Crick Base pairs
要素5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
キーワードDNA / Parallel DNA / homo base pairs / parallel-stranded helix / parallel duplex
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sunami, T. / Kondo, J. / Kobuna, T. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of d(GCGAAAGCT) Containing a Parallel-stranded Duplex with Homo Base Pairs and an Anti-Parallel Duplex with Watson-Crick Base pairs
著者: Sunami, T. / Kondo, J. / Kobuna, T. / Hirao, I. / Watanabe, K. / Miura, K. / Takenaka, A.
履歴
登録2002年6月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ... BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). BASES 2-5 FORM A PARALLEL STRANDED DUPLEX WITH HOMO BASE PAIRS WITH BASES 2-5 OF THE STRAND GENERATED BY SYMMETRY OPERATOR 8_666 : 1-Y, 1-X, 1-Z. BASES 6-9 FORM AN ANTIPARALLEL DUPLEX WITH WATSON-CRICK BASE PAIRS WITH BASES 9-6 OF THE STRAND GENERATED BY SYMMETRY OPERATOR 5_655 : 3/2-X,Y,3/4-Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9754
ポリマ－2,7651
非ポリマー2103
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.4, 53.4, 54.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-10-

MG

21A-12-

NCO

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 2764.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2,6-diaminopyridine, magnesium chloride, sodium chloride, hexaamminecobalt(III) chloride, 2-methyl-2,4-pentanediol, MEGA-10, sodium cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
12,6-diaminopyridine11
2MgCl211
3NaCl11
4hexaamminecobalt(III) chloride11
52-methyl-2,4-pentanediol11
6MEGA-1011
7sodium cacodylate11
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mMDNA1drop
224 mM2,6-diaminopyridine1drop
320 mM1reservoirpH6.0MgCl2
480 mM1reservoirNaCl
530 mM1reservoirCo(NH3)6Cl3
625 %MPD1reservoir
70.17 %n-decanoyl-N-methylglucamide1reservoir
840 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B11
シンクロトロンSPring-8 BL44XU20.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年12月8日
OXFORD PX2102CCD2001年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.91
反射解像度: 2.4→37.9 Å / Num. all: 1689 / Num. obs: 1676 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2.4→2.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.239 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Num. obs: 1647 / % possible obs: 98.3 % / Num. measured all: 20224
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.53 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→9 Å / σ(F): 3
立体化学のターゲット値: G. PARKINSON ET AL., (1996) ACTACRYST. D52, 57-64
詳細: The C1*-C2*-C3* angle of the G7 residue is slightly small due to large temperature factor of the C8 residue.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.257 130 RANDOM
Rwork0.215 --
all-1415 -
obs-1333 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 184 21 7 212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.52 12
Rwork0.413 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 9 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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