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万見
- PDB-1ivz: Solution structure of the SEA domain from murine hypothetical pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ivz
タイトルSolution structure of the SEA domain from murine hypothetical protein homologous to human mucin 16
要素hypothetical protein 1110008I14RIK
キーワードstructural genomics / unknown function / SEA domain / mucin 16 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of wound healing / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of epithelial cell proliferation / external side of plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SEA domain / Mucin-16 / SEA domain superfamily / SEA domain profile. / SEA domain / SEA domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Maeda, T. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the SEA domain from the murine homologue of ovarian cancer antigen CA125 (MUC16)
著者: Maeda, T. / Inoue, M. / Koshiba, S. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Nunokawa, E. / Seki, E. / Matsuda, T. / Motoda, Y. / Kobayashi, A. / Hiroyasu, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Hayami, N. / ...著者: Maeda, T. / Inoue, M. / Koshiba, S. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Nunokawa, E. / Seki, E. / Matsuda, T. / Motoda, Y. / Kobayashi, A. / Hiroyasu, F. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Hayami, N. / Ishizuka, Y. / Shinya, N. / Tatsuguchi, A. / Yoshida, M. / Hirota, H. / Matsuo, Y. / Tani, K. / Arakawa, T. / Carninci, P. / Kawai, J. / Hayashizaki, Y. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2002年4月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein 1110008I14RIK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6681
ポリマ－14,6681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein 1110008I14RIK


分子量: 14668.079 Da / 分子数: 1 / 断片: SEA domain(residues 67-185) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell-free protein synthesis / プラスミド: p011109-16 / 参照: UniProt: Q9D1H1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Residues 1-7(GSSGSSG),127-132(SGPSSG) are cloning artifacts.

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試料調製

詳細内容: 1.5mM protein U-15N, 13C; 20mM sodium phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% sodium azide, 90%H2O, 10%D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1.8Delaglio解析
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 2533 restraints, 2277 are NOE-derived distance constraints, 178 dihedral angle restraints, 78 distance constraints from hydrogen bonds.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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