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- PDB-1iut: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH 4-AMINOBENZOATE AT PH 7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iut
タイトルP-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE COMPLEXED WITH 4-AMINOBENZOATE AT PH 7.4
要素P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase (NADPH) activity / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase activity / benzoate catabolic process via hydroxylation / FAD binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 4-AMINOBENZOIC ACID / p-hydroxybenzoate hydroxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gatti, D.L. / Entsch, B. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: pH-dependent structural changes in the active site of p-hydroxybenzoate hydroxylase point to the importance of proton and water movements during catalysis.
著者: Gatti, D.L. / Entsch, B. / Ballou, D.P. / Ludwig, M.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydrobenzoate and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed ...タイトル: Crystal Structures of Wild-Type P-Hydroxybenzoate Hydroxylase Complexed with 4-Aminobenzoate, 2,4-Dihydrobenzoate and 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate and of the Tyr222Ala Mutant Complexed with 2-Hydroxy-4-Aminobenzoate.Evidence for a Proton Channel and a New Binding Mode of the Flavin Ring
著者: Schreuder, H.A. / Mattevi, A. / Obmolova, G. / Kalk, K.H. / Hol, W.G.J.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal Structures of Mutant Pseudomonas Aeruginosa P-Hydroxybenzoate Hydroxylases:The Tyr201Phe, Tyr385Phe and Asn300Asp Variants
著者: Lah, M.S. / Palfey, B.A. / Schreuder, H.A. / Ludwig, M.L.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1991
タイトル: Catalytic Function of Tyrosine Residues in Para-Hydroxybenzoate Hydroxylase as Determined by the Study of Site-Directed Mutants
著者: Entsch, B. / Palfey, B.A. / Ballou, D.P. / Massey, V.
履歴
登録1995年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3053
ポリマ－44,3831
非ポリマー9232
水4,107228
1
A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子

A: P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6106
ポリマ－88,7652
非ポリマー1,8454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area6430 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area30550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)71.730, 146.490, 87.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 275

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要素

#1: タンパク質 P-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE / PHBH


分子量: 44382.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PH 7.4 STRUCTURE / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: P20586, 4-hydroxybenzoate 3-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-PAB / 4-AMINOBENZOIC ACID / 4-アミノ安息香酸


分子量: 137.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: pH 7.4
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 34.6 %
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: interface diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlPHBH11
20.1 Mpotassium phosphate11
34 mMp-ABA11
40.004 mMFAD11
50.2 mMglutathione11
671 %satammonium sulfate12
70.1 Mpotassium phosphate12

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 詳細: 0.5 MM COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / % possible all: 98.39
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 31490 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.74 % / Rmerge(I) obs: 0.111
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 98.39 % / 冗長度: 6.11 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 2.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
SDMSデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2→15 Å / σ(F): 0
詳細: THE HYDROGEN BOND DISTANCE CUTOFF USED FOR THE TURNS IS 3.5 ANGSTROMS. THE CA(X) TO CA(X+4) DISTANCE IS LESS THAN 6.0 ANGSTROMS. THE ANGLES ARE FROM ROBSON AND GARNIER, (1986), 'INTRODUCTION ...詳細: THE HYDROGEN BOND DISTANCE CUTOFF USED FOR THE TURNS IS 3.5 ANGSTROMS. THE CA(X) TO CA(X+4) DISTANCE IS LESS THAN 6.0 ANGSTROMS. THE ANGLES ARE FROM ROBSON AND GARNIER, (1986), 'INTRODUCTION TO PROTEINS AND PROTEIN ENGINEERING', ELSEVIER, AMSTERDAM. TYPE PHI2 PSI2 PHI3 PSI3 I -75(+-65) -30(+-40) -90(+-40) -15 TO 40 II -60(+-40) 120(+-40) 90(+-40) 0(+-40) III -75(+-65) -30(+-40) -60(+-40) -15 TO -70 I(PRIME) 75(+-65) 30(+-40) 90(+-40) -40 TO 15 II(PRIME) 60(+-40) -120(+-40) -90(+-40) 0(+-40) III(PRIME) 75(+-65) 30(+-40) 60(+-40) 15 TO 70 MODIFIED CYSTEINE WITH ADDITIONAL ELECTRON DENSITY NEAR THE SULFUR AT X=5.26, Y=107.89, Z=71.02 - CYS 116. THE TYPE OF CHEMICAL MODIFICATION CANNOT BE UNAMBIGUOUSLY DETERMINED FROM THE ELECTRON DENSITY THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 135, 136, 146, 392, 393, 394 ARE NOT ORDERED. THE MODEL IS DERIVED FROM A COMBINATION OF FIT TO RESIDUAL DENSITY AND ENERGY MINIMIZATION.
Rfactor反射数
Rwork0.166 -
obs0.166 31490
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3124 0 63 228 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.578
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.343
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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