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万見
- PDB-1iuo: meta-Cleavage product hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iuo
タイトルmeta-Cleavage product hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01 (CumD) S103A mutant complexed with acetates
要素meta-Cleavage product hydrolase
キーワードHYDROLASE / aromatic compounds / cumene / isopropylbenzene / meta-cleavage compound hydrolase / polychlorinated biphenyl degradation / Pseudomonas fluorescens IP01 / alpha/beta-hydrolase / substrate specificity / cumene degradation / PCB / beta-ketolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2,4-dienoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas fluorescens (蛍光菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fushinobu, S. / Saku, T. / Hidaka, M. / Jun, S.-Y. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Shoun, H. / Omori, T. / Wakagi, T.
引用
ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of a meta-cleavage product hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01 (CumD) complexed with cleavage products
著者: Fushinobu, S. / Saku, T. / Hidaka, M. / Jun, S.-Y. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Shoun, H. / Omori, T. / Wakagi, T.
#1: ジャーナル: J.Biosci.Bioeng. / 年: 2002
タイトル: Purification, characterization, and steady-state kinetics of a meta-cleavage compound hydrolase from Pseudomonas fluorescens IP01
著者: Saku, T. / Fushinobu, S. / Jun, S.-Y. / Ikeda, N. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Omori, T. / Wakagi, T.
#2: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 1996
タイトル: Analysis of cumene (isopropylbenzene) degradation genes from Pseudomonas fluorescens IP01
著者: Habe, H. / Kasuga, K. / Nojiri, H. / Yamane, H. / Omori, T.
履歴
登録2002年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: meta-Cleavage product hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6253
ポリマ－31,5071
非ポリマー1182
水4,288238
1
A: meta-Cleavage product hydrolase
ヘテロ分子

A: meta-Cleavage product hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2496
ポリマ－63,0132
非ポリマー2364
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.543, 116.619, 78.037
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x,y,1/2-z

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要素

#1: タンパク質 meta-Cleavage product hydrolase / 2-hydroxy-6-oxo-7-methylocta-2 / 4-dienoate hydrolase


分子量: 31506.607 Da / 分子数: 1 / 変異: S103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas fluorescens (蛍光菌) / 株: IP01 / 遺伝子: cumD / プラスミド: pIP140 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P96965, EC: 3.7.1.9
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.47 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: PEG4000, ammonium acetate, sodium acetate, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 5 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15.0 mg/mlprotein1drop
220 %PEG40001reservoir
30.2 Mammonium acetate1reservoir
40.1 Msodium acetate1reservoirpH3.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月17日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.617 Å / Num. all: 23969 / Num. obs: 23969 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.292 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3452 / Rsym value: 0.292 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 169080 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Rmerge(I) obs: 0.292

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C4X

1c4x


解像度: 2→29.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.211 1203 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
all0.1759 23950 --
obs0.1759 23950 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.0097 Å2 / ksol: 0.400947 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å20 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3----1 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.23 Å / Luzzati sigma a free: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2147 0 8 238 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.61.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.112.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 180 4.6 %
Rwork0.179 3742 -
obs--99.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ACETATEION.PARAMACETATEION.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 29.6 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.1759 / Rfactor Rfree: 0.211 / Rfactor Rwork: 0.174
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.236 / Rfactor Rwork: 0.179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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