MALE-B133 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MBP) ...MALE-B133 IS AN INSERTION/DELETION MUTANT OF THE E. COLI MALTODEXTRIN-BINDING PROTEIN (MBP) CARRYING THE AMINO-ACID SEQUENCE OF A B-CELL EPITOPE FROM THE PRES2 REGION OF THE HEPATITIS B VIRUS (HBV) ENVELOPE PROTEIN. THE AMINO ACIDS BELONGING TO THE PRES2 EPITOPE ARE DESIGNATED 132E TO 145E (POSITIONS 132 TO 145 OF THE VIRAL ENVELOPE PROTEIN). RESIDUES DESIGNATED 130I, 131I, 146I, 147I AND 148I, WHICH FLANK THE PRES2 EPITOPE, RESULT FROM THE CREATION OF A BAMHI RESTRICTION SITE PERMITTING THE INSERTION. THE COMPLETE INSERTED SEQUENCE IS THUS 130I, 131I, 132E - 145E, 146I, 147I, AND 148I. THESE 19 RESIDUES REPLACE WILD-TYPE MBP RESIDUES FROM POSITIONS 134 TO 142 (DELETED IN THE HYBRID PROTEIN). THE INSERTION/DELETION MUTATION RESULTS IN A NET GAIN OF 10 AMINO ACIDS IN THE RECOMBINANT PROTEIN. THE NUMBERING OF MBP RESIDUES IN THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE SEQUENCE POSITIONS OF WILD-TYPE MBP. NO INTERPRETED ELECTRON DENSITY WAS FOUND FOR MBP RESIDUES 1, 2, 3, 143, AND FOR INSERTED RESIDUES 141E TO 148I.
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実験情報
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実験
実験
手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1
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試料調製
結晶
マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.73 %
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID
濃度
一般名
Crystal-ID
Sol-ID
詳細
化学式
1
15 %
PEG6000
1
drop
canbereplacedbyPEG8000
2
10mM
Tris-HCl
1
drop
3
100mM
1
drop
NaCl
4
3mM
1
drop
NaN3
5
1mM
maltose
1
drop
6
3mg/ml
protein
1
drop
7
22 %
PEG
1
reservoir
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データ収集
回折
平均測定温度: 288 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9
検出器
タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射
単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 11201 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル
解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 97
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 % / Num. unique obs: 1108
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.1
モデル構築
X-PLOR
3.1
精密化
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
X-PLOR
3.1
位相決定
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WILD-TYPE MALTOSE-BINDING PROTEIN 解像度: 2.7→6 Å / σ(F): 2 詳細: RESIDUES GLU 171 - GLY 174 HAVE WEAK ELECTRON DENSITY.