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- PDB-1iub: Fucose-specific lectin from Aleuria aurantia (Hg-derivative form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iub
タイトルFucose-specific lectin from Aleuria aurantia (Hg-derivative form)
要素Fucose-specific lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Hg / MAD / Lectin / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


reproductive fruiting body development / fucose binding / defense response to fungus / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fucose-specific lectin / Fucose-specific lectin / Fungal fucose-specific lectin / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-L-fucopyranose / : / Fucose-specific lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of Fucose-Specific Lectin from Aleuria aurantia Binding Ligands at Three of Its Five Sugar Recognition Sites
著者: Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: X-ray crystallographic characterization and phasing of a fucose-specific lectin from Aleuria aurantia
著者: Fujihashi, M. / Peapus, D.H. / Nakajima, E. / Yamada, T. / Saito, J.I. / Kita, A. / Higuchi, Y. / Sugawara, Y. / Ando, A. / Kamiya, N. / Nagata, Y. / Miki, K.
履歴
登録2002年3月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3228
ポリマ－33,4261
非ポリマー8967
水2,054114
1
A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Fucose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,64516
ポリマ－66,8522
非ポリマー1,79314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)83.909, 83.909, 254.131
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 Fucose-specific lectin


分子量: 33425.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aleuria aurantia (ヒイロチャワンタケ)
プラスミド: pKA-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18891
#2: 糖 ChemComp-FUL / beta-L-fucopyranose / beta-L-fucose / 6-deoxy-beta-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / 6-DEOXY-BETA-L-GALACTOSE / β-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 119分子

#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: potassium phosphate, sodium chloride, potassium chloride, ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Fujihashi, M., (2003) Acta Crystallogr.,Sect.D, 59, 378.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
15 mg/mlprotein1drop
28 mMsodium phosphate1reservoir
31.5 mMpotassium phosphate1reservoir
4137 mM1reservoirNaCl
52.7 mM1reservoirKClpH7.2
61 mM1reservoirHgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.00901, 1.00394, 0.918326
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年7月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.009011
21.003941
30.9183261
反射解像度: 2.31→40 Å / Num. all: 43457 / Num. obs: 43457 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 2.31→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.29 / % possible all: 93
反射
*PLUS
最低解像度: 200 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93 % / Rmerge(I) obs: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.31→35.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2231137.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 2162 5 %RANDOM
Rwork0.156 ---
all-43422 --
obs-43422 99.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.462 Å2 / ksol: 0.324721 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å2-1.07 Å20 Å2
2---2.22 Å20 Å2
3---4.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→35.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2369 0 31 114 2514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.462.5
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 360 5.2 %
Rwork0.205 6586 -
obs--95.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4FUC.paramFUC.top
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. reflection obs: 43442 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.241 / Rfactor Rwork: 0.212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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