[日本語] English
万見
- PDB-1itw: Crystal structure of the monomeric isocitrate dehydrogenase in co... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1itw
タイトルCrystal structure of the monomeric isocitrate dehydrogenase in complex with isocitrate and Mn
要素Isocitrate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Greece key motif
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric / Monomeric isocitrate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOCITRIC ACID / : / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, Molecular Replacement method / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the Monomeric Isocitrate Dehydrogenase: Evidence of a Protein Monomerization by a Domain Duplication
著者: Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of monomeric isocitrate dehydrogenase by the MAD method using Mn atoms
著者: Yasutake, Y. / Watanabe, S. / Yao, M. / Takada, Y. / Fukunaga, N. / Tanaka, I.
履歴
登録2002年2月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase
B: Isocitrate dehydrogenase
C: Isocitrate dehydrogenase
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,07413
ポリマ－322,0314
非ポリマー1,0439
水41,5432306
1
A: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7553
ポリマ－80,5081
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,8104
ポリマ－80,5081
非ポリマー3023
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7553
ポリマ－80,5081
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Isocitrate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7553
ポリマ－80,5081
非ポリマー2472
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.4051, 119.0229, 128.2170
Angle α, β, γ (deg.)90.0000, 99.0058, 90.0000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase


分子量: 80507.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 株: IAM1078 / 参照: UniProt: P16100, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES, PEG6000, glycerol, manganese chloride, DL-isocitrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
詳細: Yasutake, Y., (2001) Acta Crystallogr., Sect.D, 57, 1682.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MHEPES-NaOH1reservoirpH7.0
224.0 %(w/v)PEG60001reservoir
320.0 %(v/v)glycerol1reservoir
44.0 mM1reservoirMnCl2
54.0 mMDL-isocitrate1reservoir
68.0 mg/mlprotein1drop
70.1 MHEPES-NaOH1droppH7.0
810.0 %(v/v)glycerol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月20日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. all: 237767 / Num. obs: 235314 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 24.474 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 33505 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 96.7
反射
*PLUS
最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 846014
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXS位相決定
AMoRE位相決定
直接法モデル構築
DMMultiモデル構築
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
直接法位相決定
DMMulti位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, Molecular Replacement method
解像度: 1.95→10 Å / Isotropic thermal model: Isotropic for overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 23269 9.9 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all-233612 --
obs-235314 98.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: throughout / Bsol: 69 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.5096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.913 Å20 Å2-1.92 Å2
2--3.002 Å20 Å2
3---0.911 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22586 0 57 2306 24949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00494
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.22762
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.65165
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82829
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.68
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.96
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.79
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 2325 9.86 %
Rwork0.2254 20444 -
obs-22769 96.6 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 233612 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0049
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.65165
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.82829

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る