PDB-1itp: Solution Structure of POIA1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1itp

タイトル

Solution Structure of POIA1

要素

proteinase A inhibitor 1

キーワード

PROTEIN BINDING / inhibitor / propeptide / beta-alpha-beta

機能・相同性

: / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / vacuole fusion, non-autophagic / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Serine proteinase inhibitor IA-1

機能・相同性情報

生物種

Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Sasakawa, H. / Yoshinaga, S. / Kojima, S. / Tamura, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of POIA1, a homologous protein to the propeptide of subtilisin: implication for protein foldability and the function as an intramolecular chaperone.
著者: Sasakawa, H. / Yoshinaga, S. / Kojima, S. / Tamura, A.

履歴

登録	2002年1月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2002年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1itp.cif.gz	447.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1itp.ent.gz	373.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1itp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1itp_validation.pdf.gz	341.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1itp_full_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示
XML形式データ	1itp_validation.xml.gz	33.1 KB	表示
CIF形式データ	1itp_validation.cif.gz	50.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/1itp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/1itp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ims-d 3a4r-1 6fxa-1 4lwt-d 2lvx-d 5wi2-1 6v0m-1 5go0-d 2bl7-d 1aps-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: proteinase A inhibitor 1

8.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #20	fewest violations

#1: タンパク質	proteinase A inhibitor 1 / IA-1=serine proteinase inhibitor 分子量: 8331.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7M4T6

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	3D 15N-separated NOESY
3	3	3	3hJNC'-HNCO

NMR実験の詳細

Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM POIA1, 25mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	1mM POIA1 U-15N, 25mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O
3	1mM POIA1 U-15N, 13C, 25mM phosphate buffer, 95% H2O, 5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	25mM Pi	7	1 atm	303 K
2	25mM Pi	7	1 atm	303 K
3	25mM Pi	7	1 atm	303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
DYANA	1.5	Gntert	構造決定
XwinNMR	1.3	Bruker	collection
NMRPipe	1.7	Delaglio	データ解析
DYANA	1.5	Gntert	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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