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- PDB-1it6: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CALYCULIN A AND THE CATA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1it6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN CALYCULIN A AND THE CATALYTIC SUBUNIT OF PROTEIN PHOSPHATASE 1
要素SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism ...PTW/PP1 phosphatase complex / regulation of nucleocytoplasmic transport / protein phosphatase 1 binding / lamin binding / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / glycogen metabolic process / protein-serine/threonine phosphatase / entrainment of circadian clock by photoperiod / Triglyceride catabolism / Maturation of hRSV A proteins / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphatase activity / microtubule organizing center / cleavage furrow / phosphoprotein phosphatase activity / mitotic sister chromatid segregation / positive regulation of glial cell proliferation / blastocyst development / protein dephosphorylation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / circadian regulation of gene expression / RAF activation / RHO GTPases Activate Formins / regulation of circadian rhythm / kinetochore / neuron differentiation / Separation of Sister Chromatids / : / MAPK cascade / presynapse / midbody / spermatogenesis / dendritic spine / mitochondrial outer membrane / nuclear speck / protein domain specific binding / cell division / focal adhesion / protein kinase binding / protein-containing complex binding / nucleolus / glutamatergic synapse / protein-containing complex / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase ...Serine-threonine protein phosphatase, N-terminal / : / Serine-threonine protein phosphatase N-terminal domain / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CALYCULIN A / : / Serine/threonine-protein phosphatase PP1-gamma catalytic subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kita, A. / Matsunaga, S. / Takai, A. / Kataiwa, H. / Wakimoto, T. / Fusetani, N. / Isobe, M. / Miki, K.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the complex between calyculin A and the catalytic subunit of protein phosphatase 1.
著者: Kita, A. / Matsunaga, S. / Takai, A. / Kataiwa, H. / Wakimoto, T. / Fusetani, N. / Isobe, M. / Miki, K.
履歴
登録2002年1月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3008
ポリマ－74,0622
非ポリマー2,2386
水1,72996
1
A: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1504
ポリマ－37,0311
非ポリマー1,1193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1504
ポリマ－37,0311
非ポリマー1,1193
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.090, 136.360, 61.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 SERINE/THREONINE PROTEIN PHOSPHATASE 1 GAMMA (PP1-GAMMA) CATALYTIC SUBUNIT


分子量: 37030.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P36873, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CYU / CALYCULIN A


分子量: 1009.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H81N4O15P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: PEG3350, POTASSIUM SULFATE, MANGANESE(II) CHLORIDE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.4 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH7.8
30.3 M1dropNaCl
40.2 mM1dropMnCl2
53 mMdithiothreitol1drop
610 mMTris-HCl1reservoirpH7.8
720 %PEG33501reservoir
80.2 Mpotassium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月14日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 56617 / Num. obs: 56530 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. measured all: 536140 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJM

1fjm


解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.218 2510 RANDOM
Rwork0.182 --
all-56406 -
obs-49453 -
原子変位パラメータBiso mean: 21.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4724 0 116 96 4936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.098
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.182 / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.182
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.43
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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