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万見
- PDB-1isn: Crystal structure of merlin FERM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1isn
タイトルCrystal structure of merlin FERM domain
要素merlin
キーワードCELL ADHESION / FERM domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hippo signaling / RHO GTPases activate PAKs / Schwann cell proliferation / regulation of gliogenesis / osteoblast proliferation / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / ectoderm development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lens fiber cell differentiation ...regulation of hippo signaling / RHO GTPases activate PAKs / Schwann cell proliferation / regulation of gliogenesis / osteoblast proliferation / negative regulation of Schwann cell proliferation / negative regulation of osteoblast proliferation / ectoderm development / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / lens fiber cell differentiation / regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of stem cell proliferation / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of protein localization to nucleus / cell-cell junction organization / negative regulation of cell-cell adhesion / cortical actin cytoskeleton / odontogenesis of dentin-containing tooth / cleavage furrow / mesoderm formation / regulation of neurogenesis / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / adherens junction / positive regulation of cell differentiation / hippocampus development / filopodium / brain development / regulation of protein stability / apical part of cell / MAPK cascade / lamellipodium / regulation of cell population proliferation / actin binding / cell body / actin cytoskeleton organization / regulation of apoptotic process / cytoskeleton / early endosome / neuron projection / regulation of cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Ezrin/radixin/moesin-like / Acyl-CoA Binding Protein / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / FERM central domain / PH-domain like / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Shimizu, T. / Seto, A. / Maita, N. / Hamada, K. / Tsukita, S. / Tsukita, S. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural basis for neurofibromatosis type 2. Crystal structure of the merlin FERM domain.
著者: Shimizu, T. / Seto, A. / Maita, N. / Hamada, K. / Tsukita, S. / Tsukita, S. / Hakoshima, T.
履歴
登録2001年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: merlin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3671
ポリマ－38,3671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.408, 67.408, 179.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 merlin


分子量: 38367.320 Da / 分子数: 1 / 断片: FERM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: neurofibromatosis type 2 / プラスミド: pGEX-4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P46662

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG6000, LiCl, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
113.6 mg/mlprotein1drop
210 mMMES1droppH6.8
37.5 %PEG60001drop
4150 mM1dropNaCl
5250 mM1dropLiCl
60.5 mMdithiothreitol1drop
750 mMHEPES1reservoirpH7.0
815 %PEG60001reservoir
9500 mM1reservoirLiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9198 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月10日
放射モノクロメーター: double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 8825 / Num. obs: 8807 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 50.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 75.8
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / Num. measured all: 32050 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.8 % / Rmerge(I) obs: 0.316

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS1精密化
DPSデータ削減
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GC6

1gc6


解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 907 11.6 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.237 8728 --
obs0.235 7821 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.63 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2617 0 0 0 2617
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.03 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.4065 83
Rwork0.3728 -
obs-796
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor all: 0.237 / Rfactor obs: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.229
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.4065 / Rfactor Rwork: 0.3728 / Rfactor obs: 0.373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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