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万見
- PDB-1is9: Endoglucanase A from Clostridium thermocellum at atomic resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1is9
タイトルEndoglucanase A from Clostridium thermocellum at atomic resolution
要素endoglucanase A
キーワードHYDROLASE / endoglucanase family 8 / Hg derivative
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily ...Glycoside hydrolase, family 8, conserved site / Glycosyl hydrolases family 8 signature. / Glycoside hydrolase, family 8 / Glycosyl hydrolases family 8 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Endoglucanase A / Endoglucanase A
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Schmidt, A. / Gonzalez, A. / Morris, R.J. / Costabel, M. / Alzari, P.M. / Lamzin, V.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Advantages of high-resolution phasing: MAD to atomic resolution.
著者: Schmidt, A. / Gonzalez, A. / Morris, R.J. / Costabel, M. / Alzari, P.M. / Lamzin, V.S.
履歴
登録2001年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endoglucanase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,79714
ポリマ－40,3451
非ポリマー1,45213
水13,691760
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.441, 62.829, 103.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 endoglucanase A


分子量: 40345.277 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-363 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04955, UniProt: A3DC29*PLUS, cellulase
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 760 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: unknown
詳細: macroseeding, Souchon, H., (1996) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 25, 134.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 MTris11pH7.5
20.2 M11NaCl
317 %PEG400011
40.1 MTris-HCl12pH7.2
515 %PEG800012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.801, 1.008, 1.006
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.8011
21.0081
31.0061
反射解像度: 1→25 Å / Num. all: 158384 / Num. obs: 158384 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.02→1.03 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 91
反射
*PLUS
最高解像度: 1.03 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. all: 304029 / % possible obs: 98.2 % / Num. measured all: 1605139 / Rmerge(I) obs: 0.049
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.9 % / Rmerge(I) obs: 0.355 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.03→25 Å / Isotropic thermal model: anisotropic except solvent water / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.149 7920 5 %random
Rwork0.131 ---
all-158384 --
obs-158384 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2827 0 13 760 3600
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor Rfree: 0.149 / Rfactor Rwork: 0.132
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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