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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1is1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ribosome recycling factor from Vibrio parahaemolyticus | ||||||
要素 | RIBOSOME RECYCLING FACTOR | ||||||
キーワード | TRANSLATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Nakano, H. / Yamaichi, Y. / Uchiyama, S. / Yoshida, T. / Nishina, K. / Kato, H. / Ohkubo, T. / Honda, T. / Yamagata, Y. / Kobayashi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.BIOL.CHEM. / 年: 2003 タイトル: Structure and binding mode of a ribosome recycling factor (RRF) from mesophilic bacterium 著者: Nakano, H. / Yoshida, T. / Uchiyama, S. / Kawachi, M. / Matsuo, H. / Kato, T. / Ohshima, A. / Yamaichi, Y. / Honda, T. / Kato, H. / Yamagata, Y. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1is1.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1is1.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1is1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1is1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/1is1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20635.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ) プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GRF5 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: PEG 8000, sodium acetate, GDP, fusidic acid, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 10326 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.073 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 93.7 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. measured all: 82069 |
反射 シェル | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.251 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Num. reflection obs: 9947 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.207 |