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- PDB-1iro: RUBREDOXIN (OXIDIZED, FE(III)) AT 1.1 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iro
タイトルRUBREDOXIN (OXIDIZED, FE(III)) AT 1.1 ANGSTROMS RESOLUTION
要素RUBREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane catabolic process / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 ...Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubrerythrin, domain 2 - #10 / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Sieker, L.C. / Moulis, J.M. / Meyer, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: Zinc- and iron-rubredoxins from Clostridium pasteurianum at atomic resolution: a high-precision model of a ZnS4 coordination unit in a protein.
著者: Dauter, Z. / Wilson, K.S. / Sieker, L.C. / Moulis, J.M. / Meyer, J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Crystallographic Refinement of Rubredoxin at 1.2 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1973
タイトル: Refinement of the Model of a Protein. Rubredoxin at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Watenpaugh, K.D. / Sieker, L.C. / Herriott, J.R. / Jensen, L.H.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970
タイトル: Structure of Rubredoxin. An X-Ray Study to 2.5 Angstroms Resolution
著者: Herriott, J.R. / Sieker, L.C. / Jensen, L.H. / Lovenberg, W.
履歴
登録1995年12月13日処理サイト: BNL
改定 1.01996年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1072
ポリマ－6,0521
非ポリマー561
水1,982110
1
A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子

A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子

A: RUBREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3226
ポリマ－18,1553
非ポリマー1683
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.040, 64.040, 32.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-109-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RUBREDOXIN


分子量: 6051.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OXIDIZED, FE(III) / 由来: (天然) Clostridium pasteurianum (バクテリア) / 参照: UniProt: P00268
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.8-1.6 mMprotein1drop
20.82 Mammonium sulfate1drop20%saturated
330 mMcitrate1drop
42.46 Mammonium sulfate1reservoir60%saturated
5100 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Ambient temp details: ROOM
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年11月1日 / 詳細: FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射
*PLUS
最高解像度: 1.1 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 20052 / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.262 / Mean I/σ(I) obs: 3.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-93モデル構築
SHELXL-93精密化
ARPモデル構築
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXL-93位相決定
精密化解像度: 1.1→10 Å / Num. parameters: 4898 / Num. restraintsaints: 5771 / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
obs0.0903 34415 94 %
Refine analyzeNum. disordered residues: 6 / Occupancy sum non hydrogen: 522
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数748 0 1 110 859

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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