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万見
- PDB-1irc: CYSTEINE RICH INTESTINAL PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1irc
タイトルCYSTEINE RICH INTESTINAL PROTEIN
要素MYOGLOBIN (METAQUO)
キーワードOXYGEN STORAGE / RESPIRATORY PROTEIN / HEME
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IMIDAZOLE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Physeter catodon (マッコウクジラ)
手法X線回折 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Barrick, D.E. / Feese, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Replacement of the proximal ligand of sperm whale myoglobin with free imidazole in the mutant His-93-->Gly.
著者: Barrick, D.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Replacement of the Proximal Ligand of Sperm Whale Myoglobin with Free Imidazole in the Mutant His-93-->Gly
著者: Barrick, D.
履歴
登録1995年12月19日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN (METAQUO)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9713
ポリマ－17,2851
非ポリマー6862
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.150, 49.040, 79.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN (METAQUO)


分子量: 17285.053 Da / 分子数: 1 / 変異: H93G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physeter catodon (マッコウクジラ)
遺伝子: SPERM WHALE MYOGLOBIN SYNTHETI
プラスミド: PMB413B WITH HISTIDINE 93 REPLACED WITH GLYCINE
遺伝子 (発現宿主): SPERM WHALE MYOGLOBIN SYNTHETIC GENE
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02185
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
由来についての詳細THE PROTEIN WAS PRODUCED USING AN ESCHERICHIA COLI EXPRESSION SYSTEM OF SPRINGER AND SLIGAR [(1987) ...THE PROTEIN WAS PRODUCED USING AN ESCHERICHIA COLI EXPRESSION SYSTEM OF SPRINGER AND SLIGAR [(1987) PROC. NAT. ACAD. SCI. U.S.A. 84, 8961-8965], EXCEPT THAT THE ORIGINAL ASN CODON AT POSITION 122 OF THEIR GENE WAS REPLACED WITH ASP TO GIVE THE WILD TYPE SEQUENCE. IN ADDITION, THE PROTEIN LIKELY CONTAINS AN N-TERMINAL FORMYL-METHIONINE, ALTHOUGH THIS RESIDUE IS NOT WELL DETERMINED BY THE ELECTRON DENSITY. THE PROTEIN WAS PURIFIED AS DESCRIBED IN BARRICK, D. (1994) BIOCHEMISTRY 33, 6546-6554.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
135 %PEG80001reservoir
2300 mM1reservoirNaOAc
30.1 MPIPES1reservoir
40.1 %dioxane1reservoir
56 mg/mlprotein1drop
65 mMimidazole1drop

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 7676 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.033
反射
*PLUS
最高解像度: 2.17 Å / 最低解像度: 26.6 Å / Num. measured all: 25555

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
SDMSデータ削減
精密化解像度: 2.17→20 Å / Num. reflection obs: 7171 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: PROTGEO.DAT
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1168 0 48 20 1236
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.177
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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