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- PDB-1ir0: OXIDIZED [4Fe-4S] FERREDOXIN FROM BACILLUS THERMOPROTEOLYTICUS (F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ir0
タイトルOXIDIZED [4Fe-4S] FERREDOXIN FROM BACILLUS THERMOPROTEOLYTICUS (FORM II)
要素Ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / FERREDOXIN / IRON-SULFER PROTEIN / ULTLAHIGH RESOLUTION ANALYSIS / GEOMETRY OF [4FE-4S] CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 3Fe-4S ferredoxin / 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å
データ登録者Fukuyama, K. / Okada, T. / Kakuta, Y. / Takahashi, Y.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Atomic resolution structures of oxidized [4Fe-4S] ferredoxin from Bacillus thermoproteolyticus in two crystal forms: systematic distortion of [4Fe-4S] cluster in the protein.
著者: Fukuyama, K. / Okada, T. / Kakuta, Y. / Takahashi, Y.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure of [4Fe-4S] ferredoxin from Bacillus thermoproteolyticus refined at 2.3 A resolution. Structural comparisons of bacterial ferredoxins.
著者: Fukuyama, K. / Matsubara, H. / Tsukihara, T. / Katsube, Y.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: Tertiary structure of Bacillus thermoproteolyticus [4Fe-4S] ferredoxin. Evolutionary implications for bacterial ferredoxins.
著者: Fukuyama, K. / Nagahara, Y. / Tsukihara, T. / Katsube, Y. / Hase, T. / Matsubara, H.
履歴
登録2001年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4135
ポリマ－8,7741
非ポリマー6404
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.560, 30.380, 50.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 124.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-224-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 8773.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
プラスミド: pET21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10245
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.4 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / pH: 6.5
詳細: ammonium sulfate, MES, pH 6.5, MICRODIALYSIS, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
PH range low: 7.2 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.1 MMES11pH6.5-7.2 (or PIPES)
281.5 %saturatedammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.55 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月21日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.55 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→13.3 Å / Num. all: 35329 / Num. obs: 35329 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 1→1.05 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / % possible all: 95.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 189925
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.4 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
SHELXL-97精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FXB

2fxb
PDB 未公開エントリ


解像度: 1→13.3 Å / Num. parameters: 6954 / Num. restraintsaints: 8164 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.139 1765 5 %RANDOM
Rwork0.112 ---
all0.112 35328 --
obs0.112 35328 97 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 3 / Occupancy sum hydrogen: 506 / Occupancy sum non hydrogen: 744
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→13.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数620 0 23 129 772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0261
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.089
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.097
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.055
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.037
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.054
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.096
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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