+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iqm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human coagulation factor Xa in complex with M54471 | ||||||
![]() | (coagulation Factor Xa) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / SERINE PROTEASE / BLOOD COAGULATION FACTOR / COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shiromizu, I. / Matsusue, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Factor Xa Specific Inhibitor that Induces the Novel Binding Model in Complex with Human Fxa 著者: Matsusue, T. / Shiromizu, I. / Okamoto, A. / Nakayama, K. / Nishida, H. / Mukaihira, T. / Miyazaki, Y. / Saitou, F. / Morishita, H. / Ohnishi, S. / Mochizuki, H. #1: ![]() タイトル: Structure of Human Des(1-45) Factor Xa at 2.2 A Resolution 著者: Padmanabhan, K. / Padmanabhan, K.P. / Tulinsky, A. / Park, C.H. / Bode, W. / Huber, R. / Blankenship, D.T. / Cardin, A.D. / Kisiel, W. #2: ![]() タイトル: X-Ray Structure of Active Site-Inhibited Clotting Factor Xa. Implications for Drug Design and Substrate Recognition 著者: Brandstetter, H. / Kuhne, A. / Bode, W. / Huber, R. / Von Der Saal, W. / Wirthensohn, K. / Engh, R.A. #3: ![]() タイトル: Autoproteolysis or Plasmin-Mediated Cleavage of Factor Xaalpha Exposes a Plasminogen Binding Site and Inhibits Coagulation 著者: Pryzdial, E.L. / Kessler, G.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 52.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 465.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26604.297 Da / 分子数: 1 / 断片: heavy chain, catalytic domain (residues 235-469) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 10533.713 Da / 分子数: 1 断片: light chain, epidermal growth factor like domain (residues 84-179) 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-CA / |
#4: 化合物 | ChemComp-XMK / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG1500, calcium chloride, M54471, tris-HCl, pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年6月25日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 8545 / % possible obs: 82.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.081 / % possible all: 66.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | Bsol: 52.6429 Å2 / ksol: 0.502811 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
|