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万見
- PDB-1iqa: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF MOUSE RANK LIGAND -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iqa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE EXTRACELLULAR DOMAIN OF MOUSE RANK LIGAND
要素RECEPTOR ACTIVATOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA B LIGAND
キーワードCYTOKINE / HOMOTRIMER / BETA-STRAND JELLYROLL / RANKL / RANK LIGAND / RANK / TNF / BONE REMODELING / OSTEOCLAST DIFFERENTIATION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...positive regulation of fever generation by positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of corticotropin-releasing hormone secretion / tooth eruption / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / osteoclast proliferation / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of osteoclast development / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / paracrine signaling / osteoclast development / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / mammary gland epithelial cell proliferation / monocyte chemotaxis / mammary gland alveolus development / lymph node development / bone resorption / calcium ion homeostasis / JNK cascade / ossification / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / animal organ morphogenesis / cytokine activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / calcium-mediated signaling / bone development / positive regulation of T cell activation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / receptor ligand activity / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ito, S. / Wakabayashi, K. / Ubukata, O. / Hayashi, S. / Okada, F. / Hata, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structure of the extracellular domain of mouse RANK ligand at 2.2-A resolution.
著者: Ito, S. / Wakabayashi, K. / Ubukata, O. / Hayashi, S. / Okada, F. / Hata, T.
履歴
登録2001年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECEPTOR ACTIVATOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA B LIGAND
B: RECEPTOR ACTIVATOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA B LIGAND
C: RECEPTOR ACTIVATOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA B LIGAND


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,0023
ポリマ－54,0023
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6280 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.680, 78.980, 100.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 RECEPTOR ACTIVATOR OF NUCLEAR FACTOR KAPPA B LIGAND / TUMOR NECROSIS FACTOR LIGAND SUPERFAMILY MEMBER 11 / RANKL / TRANCE / OPGL / ODF


分子量: 18000.688 Da / 分子数: 3 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN (RESIDUES 157-316) / 変異: M198(MSE), M238(MSE), M255(MSE) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX-3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O35235
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG8K, SODIUM CHLORIDE, ETHYLENE GLYCOL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
125 mMTris-HCl1droppH7.4
230 mg/mlprotein1drop
314 %(w/v)PEG80001reservoir
430 %(v/v)ethylene glycol1reservoir
5300 mM1reservoirNaCl
60.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→25 Å / Num. obs: 26984 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.284 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 97.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 257901
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1986 7.9 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs-25282 93.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 52.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å2--
2--14.35 Å2-
3----11.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.3 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3699 0 0 69 3768
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.731.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.342
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.882
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.772.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 307 8.3 %
Rwork0.248 3390 -
obs-3697 83.8 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.226
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.04
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.248 / Rfactor obs: 0.248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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