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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iq5 | ||||||
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タイトル | Calmodulin/nematode CA2+/Calmodulin dependent kinase kinase fragment | ||||||
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![]() | METAL BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / EF-hand / CALMODULIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / METAL BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of CREB transcription factor activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / enzyme regulator activity / calcium-mediated signaling / calmodulin binding ...CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of CREB transcription factor activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / positive regulation of protein kinase activity / enzyme regulator activity / calcium-mediated signaling / calmodulin binding / protein phosphorylation / signaling receptor binding / DNA-templated transcription / calcium ion binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kurokawa, H. / Osawa, M. / Kurihara, H. / Katayama, N. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kainosho, M. / Ikura, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Target-induced conformational adaptation of calmodulin revealed by the crystal structure of a complex with nematode Ca(2+)/calmodulin-dependent kinase kinase peptide 著者: Kurokawa, H. / Osawa, M. / Kurihara, H. / Katayama, N. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kainosho, M. / Ikura, M. #1: ![]() タイトル: A novel target recognition revealed by calmodulin in complex with Ca2+-calmodulin-dependent kinase kinase 著者: Osawa, M. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kurihara, H. / Orita, M. / Shibanuma, T. / Furuya, T. / Ikura, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 429.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16852.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PAS / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3198.920 Da / 分子数: 1 / Fragment: CALMODULIN BINDING DOMAIN (RESIDUES 331-357) / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Caenorhabditis elegans 参照: UniProt: Q8T8D4, UniProt: Q3Y416*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: ammonium sulfate, citratet, sodium tartrae, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 57477 / Num. obs: 17155 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.798 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / % possible all: 89.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 57477 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.1 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 100 Å / Rfactor obs: 0.217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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