[日本語] English
万見
- PDB-1iq5: Calmodulin/nematode CA2+/Calmodulin dependent kinase kinase fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iq5
タイトルCalmodulin/nematode CA2+/Calmodulin dependent kinase kinase fragment
要素
  • CA2+/CALMODULIN DEPENDENT KINASE KINASE
  • CALMODULIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/PROTEIN BINDING / EF-hand / CALMODULIN / PROTEIN-PEPTIDE COMPLEX / METAL BINDING PROTEIN-PROTEIN BINDING COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / myosin II complex / calcium-mediated signaling / calmodulin binding / signaling receptor binding ...CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / CAMKK-AMPK signaling cascade / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / myosin II complex / calcium-mediated signaling / calmodulin binding / signaling receptor binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-1 / Calmodulin-2 B / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kurokawa, H. / Osawa, M. / Kurihara, H. / Katayama, N. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kainosho, M. / Ikura, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Target-induced conformational adaptation of calmodulin revealed by the crystal structure of a complex with nematode Ca(2+)/calmodulin-dependent kinase kinase peptide
著者: Kurokawa, H. / Osawa, M. / Kurihara, H. / Katayama, N. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kainosho, M. / Ikura, M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: A novel target recognition revealed by calmodulin in complex with Ca2+-calmodulin-dependent kinase kinase
著者: Osawa, M. / Tokumitsu, H. / Swindells, M.B. / Kurihara, H. / Orita, M. / Shibanuma, T. / Furuya, T. / Ikura, M.
履歴
登録2001年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CALMODULIN
B: CA2+/CALMODULIN DEPENDENT KINASE KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2126
ポリマ－20,0512
非ポリマー1604
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area8860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.090, 84.400, 59.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質 CALMODULIN


分子量: 16852.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
プラスミド: PAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62155, UniProt: P0DP33*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド CA2+/CALMODULIN DEPENDENT KINASE KINASE


分子量: 3198.920 Da / 分子数: 1 / Fragment: CALMODULIN BINDING DOMAIN (RESIDUES 331-357) / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in Caenorhabditis elegans
参照: UniProt: Q8T8D4, UniProt: Q3Y416*PLUS, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, citratet, sodium tartrae, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 Mcitrate-NaOH1reservoir
22.0 Mammonium sulfate1reservoir
30.2 Msodium tartrate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月10日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 57477 / Num. obs: 17155 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 25.798 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.024 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.212 / % possible all: 89.1
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 57477
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→100 Å / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1695 9.9688 %RANDOM
Rwork0.217 ---
all-17155 --
obs-17003 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1325 0 4 67 1396
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 100 Å / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.134
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.612
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.631
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る