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- PDB-1iq4: 5S-RRNA BINDING RIBOSOMAL PROTEIN L5 FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iq4
タイトル5S-RRNA BINDING RIBOSOMAL PROTEIN L5 FROM BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS
要素50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ribosomal protein / rRNA-binding / RNP motif
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 ...50s Ribosomal Protein L5; Chain: A, / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL5
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Nakashima, T. / Yao, M. / Kawamura, S. / Iwasaki, K. / Kimura, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2001
タイトル: Ribosomal protein L5 has a highly twisted concave surface and flexible arms responsible for rRNA binding.
著者: Nakashima, T. / Yao, M. / Kawamura, S. / Iwasaki, K. / Kimura, M. / Tanaka, I.
履歴
登録2001年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年11月21日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.52021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3532
ポリマ－40,3532
非ポリマー00
水6,774376
1
A: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1771
ポリマ－20,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1771
ポリマ－20,1771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.65, 49.22, 68.93
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 117.32, 90.0
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-282-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20176.713 Da / 分子数: 2 / 変異: V9L, K10N, V111A, A121S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
プラスミド: PET22B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08895
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.612 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG8000, HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoir
316 %PEG80001reservoir
410 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40 Å / Num. all: 252800 / Num. obs: 37507 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 36.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2239 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5384 / Rsym value: 0.203 / % possible all: 96.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 252800 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.239

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
SOLVE位相決定
AMoRE位相決定
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 1.8→10 Å / Isotropic thermal model: individual restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2591 3680 9.6 %RANDOM
Rwork0.2154 ---
all-37123 --
obs-33443 96.9 %-
溶媒の処理Bsol: 73.86 Å2 / ksol: 0.392 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.25 Å20 Å20 Å2
2---6.046 Å20 Å2
3---1.796 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3036 Å0.2503 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2075 Å0.1863 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 0 376 3202
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.045
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.59
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.525
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.002
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.443
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.910.34356179.70.3076546597.6
1.91-2.060.29715900.249155780.9596
2.06-2.260.30125740.240955730.9714
2.26-2.590.28686130.235756070.9752
2.59-3.240.2886530.230456070.9781
3.24-100.22866330.210356130.9591
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.6 % / Rfactor obs: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 9.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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