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万見
- PDB-1ipi: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ARCHAEAL HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE HJC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ipi
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE ARCHAEAL HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE HJC FROM PYROCOCCUS FURIOSUS FORM II
要素HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
キーワードHYDROLASE / nuclease fold / HJC
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / Holliday junction resolvase complex / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase Hjc / Holliday junction resolvase Hjc, archaeal / Archaeal holliday junction resolvase (hjc) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc / Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Dissection of the regional roles of the archaeal Holliday junction resolvase Hjc by structural and mutational analyses.
著者: Nishino, T. / Komori, K. / Ishino, Y. / Morikawa, K.
履歴
登録2001年5月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE
B: HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5852
ポリマ－27,5852
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.969, 59.969, 134.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細chain A and B form functional dimer

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要素

#1: タンパク質 HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE / HJC


分子量: 13792.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 遺伝子: HJC / プラスミド: PET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9V301, UniProt: E7FHX4*PLUS, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl, 1mM EDTA, 32.5% PEG4000, 10% glycerol , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein11
2100 mMTris-HCl11pH7.0
31 mMEDTA11
432.5 %(w/v)PEG400011
510 %glycerol11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL24XU / 波長: 0.834 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年12月11日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.834 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→41.1 Å / Num. all: 94745 / Num. obs: 13043 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 6.42
反射 シェル解像度: 2.16→2.26 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.279 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 79.5
反射
*PLUS
最高解像度: 2.16 Å / 最低解像度: 41 Å / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.27 Å / % possible obs: 79.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GEF functional dimer

1gef


解像度: 2.16→41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1334 11.48 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all-12955 --
obs-11621 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 0 157 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8463
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.31928
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006197
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.61779
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.24 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 120 -
Rwork0.233 --
obs-1035 0.784 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 41 Å / Num. reflection obs: 13043 / % reflection Rfree: 11.48 % / Rfactor obs: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.8463
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.61779
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 2.27 Å / Rfactor Rfree: 0.307 / Rfactor Rwork: 0.233 / Rfactor obs: 0.233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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