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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ipe | ||||||
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タイトル | TROPINONE REDUCTASE-II COMPLEXED WITH NADPH | ||||||
要素 | TROPINONE REDUCTASE-II | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / TROPANE ALKALOID BIOSYNTHESIS / REDUCTION OF TROPINONE TO PSEUDOTROPINE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / LAUE DIFFRACTION / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tropinone reductase II / tropinone reductase activity / tropane alkaloid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Yamashita, A. / Endo, M. / Higashi, T. / Nakatsu, T. / Yamada, Y. / Oda, J. / Kato, H. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: BIOCHEMISTRY / 年: 2003 タイトル: Capturing Enzyme Structure Prior to Reaction Initiation: Tropinone Reductase-II-Substrate Complexes 著者: Yamashita, A. / Endo, M. / Higashi, T. / Nakatsu, T. / Yamada, Y. / Oda, J. / Kato, H. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Structure of Tropinone Reductase-II Complexed with NADP+ and Pseudotropine at 1.9 A Resolution: Implication for Stereospecific Substrate Binding and Catalysis 著者: Yamashita, A. / Kato, H. / Wakatsuki, S. / Tomizaki, T. / Nakatsu, T. / Nakajima, K. / Hashimoto, T. / Yamada, Y. / Oda, J. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Crystal Structures of Two Tropinone Reductases: Different Reaction Stereospecificities in the Same Protein Fold 著者: Nakajima, K. / Yamashita, A. / Akama, H. / Nakatsu, T. / Kato, H. / Hashimoto, T. / Oda, J. / Yamada, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ipe.cif.gz | 112.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ipe.ent.gz | 87.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ipe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ipe_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ipe_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ipe_validation.xml.gz | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ipe_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/1ipe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ip/1ipe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28208.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Datura stramonium (シロバナチョウセンアサガオ) 器官: CULTURED ROOT / プラスミド: PETTR2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P50163, tropinone reductase II #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.8 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: lithium sulfate, dithiothreitol, HEPES, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.0K |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: Petsko, G.A., (2000) Curr. Opin. Chem. Biol., 4, 89. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.7-1.65 | |||||||||
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月11日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: neutron | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→43 Å / Num. all: 24884 / Num. obs: 24496 / % possible obs: 85.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.11 % / Biso Wilson estimate: 12.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 82.8 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Num. measured all: 149781 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 82.8 % / Rmerge(I) obs: 0.28 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 2AE2 解像度: 2.5→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: This solvent would make a 3.5 A hydrogen bond with HOH 26, which makes a hydrogen bond with protein molecule with 3.4 A distance.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: UNRESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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