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- PDB-1iou: SOLUTION STRUCTURE OF YKT6P (1-140) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iou
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF YKT6P (1-140)
要素YKT6P
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SNARE
機能・相同性
機能・相同性情報


amphisome-lysosome fusion / Golgi cis cisterna membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi vesicle fusion to target membrane / Intra-Golgi traffic / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-mediated anterograde transport / palmitoyltransferase activity / Golgi to endosome transport / COPII-mediated vesicle transport ...amphisome-lysosome fusion / Golgi cis cisterna membrane / vesicle fusion with Golgi apparatus / Golgi vesicle fusion to target membrane / Intra-Golgi traffic / vacuole fusion, non-autophagic / COPI-mediated anterograde transport / palmitoyltransferase activity / Golgi to endosome transport / COPII-mediated vesicle transport / autophagosome-lysosome fusion / SNAP receptor activity / SNARE complex / vesicle fusion / fungal-type vacuole / intra-Golgi vesicle-mediated transport / vacuolar membrane / autophagosome membrane / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / intracellular protein transport / endosome membrane / endosome / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
YKT6, SNARE motif / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain ...YKT6, SNARE motif / Longin domain / Longin domain profile. / Longin domain / Regulated-SNARE-like domain / Regulated-SNARE-like domain / Synaptobrevin signature. / Synaptobrevin-like / Synaptobrevin / v-SNARE, coiled-coil homology domain / v-SNARE coiled-coil homology domain profile. / Longin-like domain superfamily / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Synaptobrevin homolog YKT6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing with torsion angle dynamics
データ登録者Tochio, H. / Tsui, M.M.K. / Banfield, D.K. / Zhang, M.
引用ジャーナル: SCIENCE / 年: 2001
タイトル: An autoinhibitory mechanism for nonsyntaxin SNARE proteins revealed by the structure of Ykt6p
著者: Tochio, H. / Tsui, M.M.K. / Banfield, D.K. / Zhang, M.
履歴
登録2001年4月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YKT6P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8551
ポリマ－15,8551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 YKT6P / SYNAPTOBREVIN HOMOLOG 1


分子量: 15854.735 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36015

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1132D NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1323D 15N-separated NOESY
142HNHA
NMR実験の詳細Text: na

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5mM YKT6(1-140) U-15N,13C;50mM phosphate buffer;20mM DTT;2mM EDTA;D2Ophosphate buffer pH 7.0
21.5mM YKT6(1-140) U-15N;50mM phosphate buffer;20mM DTT;2mM EDTA;10% D2Ophosphate buffer pH 7.0
31.5mM YKT6(1-140),13C;50mM phosphate buffer;20mM DTT;2mM EDTA;D2Ophosphate buffer pH 7.0
試料状態イオン強度: 50mM / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS7501
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1Brunger構造決定
CNS1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing with torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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