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- PDB-1iol: ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED 17-BETA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iol
タイトルESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE COMPLEXED 17-BETA-ESTRADIOL
要素ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / SHORT-CHAIN DEHYDROGENASE / STEROID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / cellular response to metal ion / estrogen biosynthetic process / estradiol binding / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / small molecule binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ESTRADIOL / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Azzi, A. / Rehse, P.H. / Zhu, D.-W. / Campbell, R.L. / Labrie, F. / Lin, S.-X.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of human estrogenic 17 beta-hydroxysteroid dehydrogenase complexed with 17 beta-estradiol.
著者: Azzi, A. / Rehse, P.H. / Zhu, D.W. / Campbell, R.L. / Labrie, F. / Lin, S.X.
履歴
登録1996年6月20日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1742
ポリマ－34,9021
非ポリマー2721
水1,00956
1
A: ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3484
ポリマ－69,8042
非ポリマー5452
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6820 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area22380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.660, 45.190, 61.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.10, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ESTROGENIC 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / 17-BETA-HSD1


分子量: 34901.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: 17 BETA ESTRADIOL IS 98% PURE AND PURCHASED FROM ALDRICH, USA
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-EST / ESTRADIOL


分子量: 272.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128 %PEG40001reservoir
20.06 %beta-octylglucoside1reservoir
30.16 M1reservoirMgCl2
40.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→8 Å / Num. obs: 15103 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.37 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / % possible all: 86.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 35875

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: PDB ENTRY 1BHS

1bhs


解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 -
Rwork0.196 -
obs0.196 11865
原子変位パラメータBiso mean: 35.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2178 0 20 56 2254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.09
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.17
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor obs: 0.251

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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