PDB-1iok: CRYSTAL STRUCTURE OF CHAPERONIN-60 FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1iok

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF CHAPERONIN-60 FROM PARACOCCUS DENITRIFICANS

要素

CHAPERONIN 60

キーワード

CHAPERONE / chaperonin

機能・相同性

機能・相同性情報

chaperonin ATPase / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein refolding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Fukami, T.A. / Yohda, M. / Taguchi, H. / Yoshida, M. / Miki, K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of chaperonin-60 from Paracoccus denitrificans.
著者: Fukami, T.A. / Yohda, M. / Taguchi, H. / Yoshida, M. / Miki, K.

履歴

登録	2001年3月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1iok.cif.gz	587.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1iok.ent.gz	490.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1iok.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1iok_validation.pdf.gz	422.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1iok_full_validation.pdf.gz	583 KB	表示
XML形式データ	1iok_validation.xml.gz	79.2 KB	表示
CIF形式データ	1iok_validation.cif.gz	115.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/1iok ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/1iok	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	11950 1grl-d 10884 10883 10885 2eu1-2 2eu1-3 10886 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (10)

登録構造単位

A: CHAPERONIN 60

B: CHAPERONIN 60

C: CHAPERONIN 60

D: CHAPERONIN 60

E: CHAPERONIN 60

F: CHAPERONIN 60

G: CHAPERONIN 60

405 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: CHAPERONIN 60

B: CHAPERONIN 60

C: CHAPERONIN 60

D: CHAPERONIN 60

E: CHAPERONIN 60

F: CHAPERONIN 60

G: CHAPERONIN 60

A: CHAPERONIN 60

B: CHAPERONIN 60

C: CHAPERONIN 60

D: CHAPERONIN 60

E: CHAPERONIN 60

F: CHAPERONIN 60

G: CHAPERONIN 60

ソフトウェアが定義した集合体
809 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	286.355, 286.355, 153.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.626133, 0.779704, 0.004449), (-0.779714, 0.626109, 0.005741), (0.001691, -0.007064, 0.999974)	-35.9326, 101.26306, 0.37255
2	given	(-0.215883, 0.976347, 0.011879), (-0.976413, -0.215909, 0.00092), (0.003463, -0.0114, 0.999929)	20.59499, 192.73811, 0.73311
3	given	(-0.900039, 0.435695, 0.00993), (-0.435765, -0.900038, -0.006327), (0.006181, -0.010022, 0.999931)	128.63876, 205.54558, 0.38737
4	given	(-0.901533, -0.432677, 0.005391), (0.432606, -0.901519, -0.010797), (0.009532, -0.007401, 0.999927)	205.42465, 129.40227, -0.19825
5	given	(-0.228419, -0.973561, -0.001897), (0.973502, -0.228382, -0.011628), (0.010887, -0.004503, 0.999931)	194.07994, 22.70074, -0.52396
6	given	(0.6192, -0.785213, -0.005763), (0.785204, 0.619223, -0.004092), (0.006781, -0.001991, 0.999975)	102.96165, -35.53516, -0.33774
7	given	(0.622075, 0.782952, 0.002779), (-0.78295, 0.622051, 0.006503), (0.003363, -0.006221, 0.999975)	-35.86661, 102.22952, -0.01005
8	given	(-0.204779, 0.978807, -0.001244), (-0.978783, -0.204765, 0.007428), (0.007015, 0.002739, 0.999972)	19.0661, 191.41692, -1.6097
9	given	(-0.887431, 0.460712, 0.014524), (-0.460909, -0.887303, -0.016043), (0.005496, -0.020932, 0.999766)	123.47654, 207.60902, 1.83574
10	given	(-0.897571, -0.440857, 0.00331), (0.440809, -0.897547, -0.009809), (0.007296, -0.007345, 0.999946)	206.07983, 127.71628, 0.06883
11	given	(-0.233327, -0.972361, 0.008476), (0.972276, -0.233427, -0.013807), (0.015403, 0.005019, 0.999869)	194.3604, 23.63896, -2.39584
12	given	(0.59287, -0.805202, -0.012447), (0.805281, 0.592888, 0.002576), (0.005305, -0.011551, 0.999919)	109.35307, -35.08474, 1.03147
13	given	(0.623724, 0.781643, 0.001666), (-0.781603, 0.623667, 0.011651), (0.008068, -0.008569, 0.999931)	-35.91305, 101.56383, -0.41253
14	given	(-0.219093, 0.975637, 0.011445), (-0.975626, -0.219209, 0.010065), (0.012328, -0.008961, 0.999884)	20.60262, 192.77765, -0.86837
15	given	(-0.894498, 0.446379, 0.024875), (-0.44661, -0.894718, -0.004399), (0.020293, -0.015044, 0.999681)	125.66047, 206.15771, -0.88984
16	given	(-0.903372, -0.428764, 0.00901), (0.428708, -0.903412, -0.00754), (0.011373, -0.002949, 0.999931)	205.04071, 129.94191, -1.11375
17	given	(-0.220294, -0.975398, 0.00835), (0.975219, -0.220417, -0.019075), (0.020446, 0.003941, 0.999783)	192.99123, 21.8897, -2.90347
18	given	(0.611836, -0.790519, -0.027136), (0.790682, 0.612191, -0.006638), (0.02186, -0.017394, 0.99961)	105.92568, -35.21476, -0.60083

#1: タンパク質	CHAPERONIN 60 分子量: 57787.980 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Paracoccus denitrificans (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9Z462

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 13

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.36 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: PEG 6000, LiCl, Bicine-Na, pH 9.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 9

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	60 mg/ml	protein	1	drop
2	4.0 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
3	1.0 M		1	reservoir	LiCl
4	100 mM	Bicine-Na	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	293	1
2	293	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6B	1	1
シンクロトロン	Photon Factory	BL-6A	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
FUJI	1	IMAGE PLATE	1997年11月21日
FUJI	2	IMAGE PLATE	1997年11月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 582211 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 73.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.6

反射シェル

解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / % possible all: 99.3

反射

*PLUS

最高解像度: 3.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 103358 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Num. measured all: 582211

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.6 % / Num. unique obs: 10279 / Num. measured obs: 56862 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→6 Å / 交差検証法: NULL / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	4354	5 %	RANDOM
R_work	0.204	-	-	-
obs	0.2035	86523	-	-
all	-	111973	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25102	0	0	0	25102

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 % / R_factor all: 0.204

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	0.881

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)