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- PDB-1iod: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iod
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN THE COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN FROM SNAKE VENOM AND THE GLA DOMAIN OF FACTOR X
要素
  • (COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN) x 2
  • COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / calcium bridging / domain swapping / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / blood coagulation / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / C-type lectin fold / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Roll / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor X / Snaclec anticoagulant protein subunit B / Snaclec agkisacutacin subunit A
類似検索 - 構成要素
生物種Deinagkistrodon acutus (ヘビ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Atoda, H. / Morita, T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of an anticoagulant protein in complex with the Gla domain of factor X.
著者: Mizuno, H. / Fujimoto, Z. / Atoda, H. / Morita, T.
履歴
登録2001年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
G: COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,47815
ポリマ－34,9973
非ポリマー48112
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
A: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
G: COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
ヘテロ分子

A: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
G: COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,95630
ポリマ－69,9946
非ポリマー96224
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area12920 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
3
A: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
G: COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
ヘテロ分子

A: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
B: COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN
G: COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,95630
ポリマ－69,9946
非ポリマー96224
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area12740 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area26890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.76, 99.76, 90.42
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-511-

CA

21A-512-

CA

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要素

#1: タンパク質 COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN


分子量: 14682.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9IAM1*PLUS
#2: タンパク質 COAGULATION FACTOR X BINDING PROTEIN


分子量: 14580.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Deinagkistrodon acutus (ヘビ) / 参照: UniProt: Q9DEF8*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド COAGULATION FACTOR X GLA DOMAIN


分子量: 5734.670 Da / 分子数: 1 / Fragment: GLA DOMAIN(RESIDUES 41-84) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00743, coagulation factor Xa
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: PEG8000, calcium chloride, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1reservoir
212 %PEG80001reservoir
35 mM1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1997年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 109232 / Num. obs: 20411 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Num. unique all: 3048 / % possible all: 90.3
反射
*PLUS
最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 109232
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 92.5 % / Num. unique obs: 3206 / Rmerge(I) obs: 0.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY

解像度: 2.3→30 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.267 1857 RANDOM
Rwork0.201 --
all0.225 18805 -
obs0.201 18805 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2460 0 12 181 2653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 296 -
Rwork0.302 --
obs-2618 87.7 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.3 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.301 / Rfactor Rwork: 0.302

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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