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- PDB-1iob: INTERLEUKIN-1 BETA FROM JOINT X-RAY AND NMR REFINEMENT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iob
タイトルINTERLEUKIN-1 BETA FROM JOINT X-RAY AND NMR REFINEMENT
要素INTERLEUKIN-1 BETA
キーワードCYTOKINE / MACROPHAGE / MITOGEN / INFLAMMATORY RESPONSE / PYROGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / Interleukin-1 processing / negative regulation of synaptic transmission / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / regulation of neurogenesis / Pyroptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of MAPK cascade / JNK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of mitotic nuclear division / response to interleukin-1 / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / regulation of insulin secretion / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Interleukin-1 signaling / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 溶液NMR / 解像度: 2 Å
データ登録者Shaanan, B. / Clore, G.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Combining experimental information from crystal and solution studies: joint X-ray and NMR refinement.
著者: Shaanan, B. / Gronenborn, A.M. / Cohen, G.H. / Gilliland, G.L. / Veerapandian, B. / Davies, D.R. / Clore, G.M.
履歴
登録1996年3月14日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3961
ポリマ－17,3961
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.140, 55.140, 76.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA / CATABOLIN


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01584
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
溶液NMR

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.26 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
詳細: J. P. Priestle, (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 86, 9667.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.6 mg/mlprotein11
229 %(w/v)ammonium sulfate12

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 10429
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 0
詳細: MODEL DERIVED BY JOINT X-RAY AND NMR REFINEMENT, BASED ON NMR DATA AS DESCRIBED IN ENTRY 6I1B AND X-RAY DIFFRACTION DATA AS DESCRIBED IN ENTRY 4I1B.
Rfactor反射数
Rfree0.254 -
Rwork0.214 -
obs0.214 10429
原子変位パラメータBiso mean: 34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 0 7 1226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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