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- PDB-6i1b: HIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN-1 BETA... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6i1b
タイトルHIGH-RESOLUTION THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN-1 BETA IN SOLUTION BY THREE-AND FOUR-DIMENSIONAL NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY
要素INTERLEUKIN-1 BETA
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / : / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of prostaglandin secretion / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / regulation of defense response to virus by host / fever generation / positive regulation of fever generation / regulation of establishment of endothelial barrier / CLEC7A/inflammasome pathway / Interleukin-1 processing / negative regulation of synaptic transmission / response to carbohydrate / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of cell division / regulation of neurogenesis / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of MAP kinase activity / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / JNK cascade / positive regulation of glial cell proliferation / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of interleukin-2 production / response to interleukin-1 / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / Interleukin-1 signaling / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / lysosome / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: High-resolution three-dimensional structure of interleukin 1 beta in solution by three- and four-dimensional nuclear magnetic resonance spectroscopy.
著者: Clore, G.M. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Four-Dimensional 13C(Slash)13C-Edited Nuclear Overhauser Enhancement Spectroscopy of a Protein in Solution: Application to Interleukin-1Beta
著者: Clore, G.M. / Kay, L.E. / Bax, A. / Gronenborn, A.M.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Four-Dimensional Heteronuclear Triple-Resonance NMR Spectroscopy of Interleukin-1Beta in Solution
著者: Kay, L.E. / Clore, G.M. / Bax, A. / Gronenborn, A.M.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Assignment of the Side-Chain 1H and 13C Resonances of Interleukin-1Beta Using Double-and Triple-Resonance Heteronuclear Three-Dimensional NMR Spectroscopy
著者: Clore, G.M. / Bax, A. / Driscoll, P.C. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Analysis of the Backbone Dynamics of Interleukin-1Beta Using Two-Dimensional Inverse Detected Heteronuclear 15N-1H NMR Spectroscopy
著者: Clore, G.M. / Driscoll, P.C. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Identification and Localization of Bound Internal Water in the Solution Structure of Interleukin 1Beta by Heteronuclear Three-Dimensional 1H Rotating-Frame Overhauser 15N-1H Multiple ...タイトル: Identification and Localization of Bound Internal Water in the Solution Structure of Interleukin 1Beta by Heteronuclear Three-Dimensional 1H Rotating-Frame Overhauser 15N-1H Multiple Quantum Coherence NMR Spectroscopy
著者: Clore, G.M. / Bax, A. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Low Resolution Structure of Interleukin-1Beta in Solution Derived from 1H-15N Heteronuclear Three-Dimensional Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Clore, G.M. / Driscoll, P.C. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#7: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Determination of the Secondary Structure and Molecular Topology of Interleukin-1Beta by Use of Two-and Three-Dimensional Heteronuclear 15N-1H NMR Spectroscopy
著者: Driscoll, P.C. / Gronenborn, A.M. / Wingfield, P.T. / Clore, G.M.
#8: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Complete Resonance Assignment for the Polypeptide Backbone of Interleukin 1Beta Using Three-Dimensional Heteronuclear NMR Spectroscopy
著者: Driscoll, P.C. / Clore, G.M. / Marion, D. / Wingfield, P.T. / Gronenborn, A.M.
#9: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989
タイトル: Overcoming the Overlap Problem in the Assignment of 1H NMR Spectra of Larger Proteins by Use of Three-Dimensional Heteronuclear 1H-15N Hartmann-Hahn-Multiple Quantum Coherence and ...タイトル: Overcoming the Overlap Problem in the Assignment of 1H NMR Spectra of Larger Proteins by Use of Three-Dimensional Heteronuclear 1H-15N Hartmann-Hahn-Multiple Quantum Coherence and Nuclear Overhauser-Multiple Quantum Coherence Spectroscopy: Application to Interleukin 1Beta
著者: Marion, D. / Driscoll, P.C. / Kay, L.E. / Wingfield, P.T. / Bax, A. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1991年1月22日処理サイト: BNL
改定 1.01992年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3961
ポリマ－17,3961
非ポリマー00
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Atom site foot note1: RESIDUE 91 IS A CIS PROLINE.
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 BETA


分子量: 17395.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01584
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 2630 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE MEASUREMENTS; 114 HYDROGEN BONDING DISTANCE RESTRAINTS FOR 57 HYDROGEN-BONDS IDENTIFIED ON THE BASIS OF THE ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON 2630 INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE MEASUREMENTS; 114 HYDROGEN BONDING DISTANCE RESTRAINTS FOR 57 HYDROGEN-BONDS IDENTIFIED ON THE BASIS OF THE NOE AND AMIDE PROTON EXCHANGE DATA, AS WELL AS THE INITIAL STRUCTURE CALCULATIONS; 36 DISTANCE RESTRAINTS RELATING TO NH-H2O-CO BRIDGING HYDROGEN BONDS INVOLVING 7 BOUND WATER MOLECULES AND IDENTIFIED FROM ROE MEASUREMENTS; AND 152 PHI AND 115 PSI BACKBONE TORSION ANGLE RESTRAINTS AND 99 CHI SIDE CHAIN TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM COUPLING CONSTRAINTS AND NOE DATA. THE LATTER ARE OBTAINED USING THE CONFORMATIONAL GRID SEARCH PROGRAM "STEREOSEARCH" (M. NILGES, G. M. CLORE, AND A. M. GRONENBORN (1990) BIOPOLYMERS 29, 813-822). THE METHOD USED TO DETERMINE THE STRUCTURES IS THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD (M. NILGES, G. M. CLORE, AND A. M. GRONENBORN, (1990) FEBS LETT. 229, 317-324). A TOTAL OF 32 STRUCTURES WERE CALCULATED. THIS ENTRY REPRESENTS THE RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE. IT WAS OBTAINED BY AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO RESTRAINED MINIMIZATION. THE QUANTITY PRESENTED IN THE B-VALUE FIELD IN THIS COORDINATE FILE REPRESENTS THE ATOMIC RMS DEVIATION OF THE INDIVIDUAL STRUCTURES ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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