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万見
- PDB-1inv: A SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1inv
タイトルA SIALIC ACID DERIVED PHOSPHONATE ANALOG INHIBITS DIFFERENT STRAINS OF INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE WITH DIFFERENT EFFICIENCIES
要素INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
キーワードHYDROLASE / O-GLYCOSYL / NEURAMINIDASE / SIALIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / 6 Propeller / Neuraminidase / Sialidase superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EQP / Neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者White, C.L. / Janakiraman, M.N. / Laver, W.G. / Philippon, C. / Vasella, A. / Air, G.M. / Luo, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: A sialic acid-derived phosphonate analog inhibits different strains of influenza virus neuraminidase with different efficiencies.
著者: White, C.L. / Janakiraman, M.N. / Laver, W.G. / Philippon, C. / Vasella, A. / Air, G.M. / Luo, M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structure of Influenza Virus Neuraminidase B(Slash)Lee(Slash)40 Complexed with Sialic Acid and a Dehydro Analog at 1.8 Angstroms Resolution: Implications for the Catalytic Mechanism
著者: Janakiraman, M.N. / White, C.L. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Three-Dimensional Structure of the Influenza Virus A(Slash)Tokyo(Slash)3(Slash)67 at 2.2 Angstroms Resolution
著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Atomic Structures of N9 Subtype Influenza Virus Neuraminidase and Escape Mutants
著者: Lip, W.R. / Varghese, J.N. / Baker, A.T. / Van Danelaar, A. / Laver, W.G. / Webster, R.G. / Colman, P.M.
#4: ジャーナル: Helv.Chim.Acta / 年: 1990
タイトル: Phosphonic-Acid Analogs of the N-Acetyl-2-Deoxyneuraminic Acids: Synthesis and Inhibition of Vibrio Choleae Sialidase
著者: Walliman, K. / Vasella, A.
履歴
登録1994年9月26日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0915
ポリマ－43,4601
非ポリマー6314
水2,108117
1
A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子

A: INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,36420
ポリマ－173,8414
非ポリマー2,52216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area19480 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area45970 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)124.730, 124.730, 71.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 139 / 2: CIS PROLINE - PRO 326
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-469-

CA

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要素

#1: タンパク質 INFLUENZA VIRUS B/LEE/40 NEURAMINIDASE


分子量: 43460.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus B / 細胞株: 293 / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P03474, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-EQP / (1R)-4-acetamido-1,5-anhydro-2,4-dideoxy-1-phosphono-D-glycero-D-galacto-octitol / (4-ACETAMIDO-2,4-DIDEOXY-D-GLYCERO-ALPHA-D-GALACTO-1-OCTOPYRANOSYL)PHOSPHONIC ACID


タイプ: D-saccharide / 分子量: 329.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20NO9P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. RESIDUE CA 467 STABILIZES A LOOP NEAR THE ...TWO CALCIUMS ATOMS ARE INCLUDED IN THE REFINED STRUCTURE. RESIDUE CA 467 STABILIZES A LOOP NEAR THE NEURAMINIDASE ACTIVE SITE, WHILE CA 468 IS LOCATED ON THE CRYSTALLOGRAPHIC NEURAMINIDASE TETRAMER FOUR-FOLD AXIS. THE EQUATORIAL PHOSPHONATE INHIBITOR IS RESIDUE EQP 500. EQP IS AN EQUATORIAL PHOSPHONATE ANALOG OF O-SIALIC ACID.
由来についての詳細EPANA SEE WALLIMAN & VASELLA (1990) FOR SYNTHESIS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.74 %
結晶化詳細: NATIVE CRYSTALS SOAKED IN 10MM EPANA SOLUTION, PH 7.4.
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.01 MHEPES1reservoir
22 M1reservoirNaNO3
35 mM1reservoirCa2+
415 %(w/v)PEG33501reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 17019 / % possible obs: 72.3 % / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.38 Å / 最低解像度: 9999 Å / 冗長度: 2.23 % / Rmerge(I) obs: 0.0967

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.154 -
obs0.154 16341
原子変位パラメータBiso mean: 13.13 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3040 0 37 117 3194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.88
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.154 / Rfactor Rwork: 0.154
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.77
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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