+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ing | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | INFLUENZA A SUBTYPE N2 NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH AROMATIC BANA109 INHIBITOR | |||||||||
要素 | INFLUENZA A SUBTYPE N2 NEURAMINIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / NEURAMINIDASE / SIALIDASE / HYDROLASE / O-GLYCOSYL | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Jedrzejas, M.J. / Luo, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Structure-based inhibitors of influenza virus sialidase. A benzoic acid lead with novel interaction. 著者: Singh, S. / Jedrzejas, M.J. / Air, G.M. / Luo, M. / Laver, W.G. / Brouillette, W.J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1995 タイトル: Benzoic Acid Inhibitors of Influenza Virus Neuraminidase 著者: Luo, M. / Jedrzejas, M.J. / Singh, S. / White, C.L. / Brouillette, W.J. / Air, G.M. / Laver, W.G. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995 タイトル: Structure-Based Inhibitors of Influenza Viral Neuraminidase. A Benzoic Acid Lead with Novel Interaction 著者: Singh, S. / Jedrzejas, M.J. / Air, G.M. / Luo, M. / Laver, W.G. / Brouillette, W.J. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Structures of Aromatic Inhibitors of Influenza Virus Neuraminidase 著者: Jedrzejas, M.J. / Singh, S. / Brouillette, W.J. / Laver, W.G. / Air, G.M. / Luo, M. #4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Three-Dimensional Structure of the Neuraminidase of Influenza Virus A/Tokyo/3/67 at 2.2 A Resolution 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ing.cif.gz | 216.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1ing.ent.gz | 181.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ing.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ing_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1ing_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1ing_validation.xml.gz | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ing_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1ing ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/1ing | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 43141.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/TOKYO/3/67 / 参照: UniProt: P06820, exo-alpha-sialidase |
---|
-糖 , 4種, 8分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6) ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | |
---|
-非ポリマー , 3種, 254分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % |
---|---|
結晶化 | pH: 11.8 / 詳細: pH 11.8 |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 |
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年11月20日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 21824 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.4→6.5 Å / σ(F): 4 詳細: THE REFINED MODEL COORDINATES DEPOSITED CONTAIN THE FULL PROTEIN SEQUENCE FROM VAL 82 TO ILE 469. THE CALCIUM RESIDUE, CA 470, STABILIZES A LOOP NEAR THE NEURAMINIDASE ACTIVE SITE. THE ...詳細: THE REFINED MODEL COORDINATES DEPOSITED CONTAIN THE FULL PROTEIN SEQUENCE FROM VAL 82 TO ILE 469. THE CALCIUM RESIDUE, CA 470, STABILIZES A LOOP NEAR THE NEURAMINIDASE ACTIVE SITE. THE BANA109 INHIBITOR IS RESIDUE ST1 471.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→6.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|