PDB-1imt: MAMBA INTESTINAL TOXIN 1, NMR, 39 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1imt

タイトル

MAMBA INTESTINAL TOXIN 1, NMR, 39 STRUCTURES

要素

INTESTINAL TOXIN 1

キーワード

TOXIN / VENOM / STRUCTURAL HOMOLOGUE OF COLIPASE / RESISTANCE TO ENDOPROTEASES / CONTRACT GUINEA PIG ILEUM

機能・相同性

機能・相同性情報

endothelial cell proliferation / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)

手法

溶液NMR / RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS ENERGY REFINEMENT

データ登録者

Boisbouvier, J. / Albrand, J.-P. / Blackledge, M. / Jaquinod, M. / Schweitz, H. / Lazdunski, M. / Marion, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: A structural homologue of colipase in black mamba venom revealed by NMR floating disulphide bridge analysis.
著者: Boisbouvier, J. / Albrand, J.P. / Blackledge, M. / Jaquinod, M. / Schweitz, H. / Lazdunski, M. / Marion, D.

履歴

登録	1998年4月14日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1999年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月23日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1imt.cif.gz	879.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1imt.ent.gz	738.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1imt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1imt_validation.pdf.gz	359 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1imt_full_validation.pdf.gz	554.7 KB	表示
XML形式データ	1imt_validation.xml.gz	40.7 KB	表示
CIF形式データ	1imt_validation.cif.gz	73.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1imt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4iye-d 2vlw-1 2vlw-2 3aqy-2 3ue7-1 1apq-d 3neq-1 1nea-d 2mul-d 2l92-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: INTESTINAL TOXIN 1

8.53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	39 / 110	LEAST RESTRAINT VIOLATION AND BEST PHYSICAL ENERGY
代表モデル	モデル #2

#1: タンパク質	INTESTINAL TOXIN 1 / MIT1 分子量: 8531.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ) Secretion: VENOM / 生物種: Dendroaspis polylepis / 株: polylepis / 参照: UniProt: P25687
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	COSY
1	4	1	HSQC
1	5	1	HSQC-TOCSY

NMR実験の詳細

Text: MODEL NUMBER 2 WAS DETERMINED USING 2D NMR SPECTROSCOPY ON PURIFIED TOXIN.

-
試料調製

詳細	内容: H2O OR D2O
試料状態	pH: 4.5 / 温度: 305 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Discover	BIOSYM/MSI	精密化
Discover		構造決定

精密化

手法: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING, RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS ENERGY REFINEMENT
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION: BLACKLEDGE, M. ET AL. (1995). J. MOL. BIOL. 245, PP661-681

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION AND BEST PHYSICAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 110 / 登録したコンフォーマーの数: 39

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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