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万見
- PDB-1im3: Crystal Structure of the human cytomegalovirus protein US2 bound ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1im3
タイトルCrystal Structure of the human cytomegalovirus protein US2 bound to the MHC class I molecule HLA-A2/tax
要素
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
  • Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
  • beta-2-microglobulin
  • cytomegalovirus protein US2
キーワードViral protein/Immune system / Beta sheet / Beta sandwhich / Immunoglobulin (Ig) fold / immunoglobulin (IG)-like domain / protein complex / alpha helix / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation ...symbiont-mediated perturbation of host exit from mitosis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / regulation of mRNA stability / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / ER-Phagosome pathway / iron ion transport / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / cellular response to lipopolysaccharide / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / host cell cytoplasm / membrane => GO:0016020 / learning or memory / host cell endoplasmic reticulum membrane / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1200 / Herpesvirus US2/US3 / : / Cytomegalovirus US3 protein / HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Immunoglobulin-like - #1200 / Herpesvirus US2/US3 / : / Cytomegalovirus US3 protein / HTLV Tax / HTLV Tax / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Unique short US2 glycoprotein / Protein Tax-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gewurz, B.E. / Gaudet, R. / Tortorella, D. / Wang, E.W. / Ploegh, H.L. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Antigen presentation subverted: Structure of the human cytomegalovirus protein US2 bound to the class I molecule HLA-A2.
著者: Gewurz, B.E. / Gaudet, R. / Tortorella, D. / Wang, E.W. / Ploegh, H.L. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: J.Virol. / 年: 2001
タイトル: Human cytomegalovirus US2 endoplasmic reticulum-lumenal domain dictates association with major histocompatibility complex class I in a locus-specific manner
著者: Gewurz, B.E. / Wang, E.W. / Tortorella, D. / Schust, D.S. / Ploegh, H.L.
#2: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2000
タイトル: The structure and stability of an HLA-A*0201/octameric tax peptide complex with an empty conserved peptide-N-terminal binding site
著者: Khan, A.R. / Baker, B.M. / Ghosh, B. / E Biddison, W. / Wiley, D.C.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Sec61-mediated transfer of a membrane protein from the endoplasmic reticulum to the proteasome for destruction
著者: Wiertz, E.J. / Tortorella, D. / Bogyo, M. / Rapoport, T.A. / Ploegh, H.L.
履歴
登録2001年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: beta-2-microglobulin
C: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
D: cytomegalovirus protein US2
E: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
F: beta-2-microglobulin
G: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
H: cytomegalovirus protein US2
I: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
J: beta-2-microglobulin
K: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
L: cytomegalovirus protein US2
M: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
N: beta-2-microglobulin
O: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
P: cytomegalovirus protein US2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,81316
ポリマ－222,81316
非ポリマー00
水26,0501446
1
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
B: beta-2-microglobulin
C: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
D: cytomegalovirus protein US2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7034
ポリマ－55,7034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
F: beta-2-microglobulin
G: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
H: cytomegalovirus protein US2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7034
ポリマ－55,7034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
J: beta-2-microglobulin
K: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
L: cytomegalovirus protein US2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7034
ポリマ－55,7034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
M: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN
N: beta-2-microglobulin
O: Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide
P: cytomegalovirus protein US2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7034
ポリマ－55,7034
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.480, 96.700, 99.540
Angle α, β, γ (deg.)109.02, 109.46, 107.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, A-2 ALPHA CHAIN


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 4 / 断片: extracellular domain, heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A2 / プラスミド: pET27 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質
beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 4 / 断片: recombinant residues 1-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Beta 2-microglobulin / プラスミド: Plm-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド
Human T-cell lymphotropic virus type 1 Tax peptide


分子量: 1070.280 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: HTLV Tax peptide (LLFGYPVYV) was produced by FMOC solid phase peptide synthesis
参照: GenBank: 699503, UniProt: P14079*PLUS
#4: タンパク質
cytomegalovirus protein US2


分子量: 10899.435 Da / 分子数: 4 / 断片: recombinant ER-lumenal fragment / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
属: Cytomegalovirus / 遺伝子: US2 / プラスミド: pET27d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09713
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 6000, MPD, Tris, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1drop
3150 mM1dropNaCl
412-14 %PEG60001reservoir
57 %MPD1reservoir
6100 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 139486 / Num. obs: 139486 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 13849 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 13849 / Num. measured all: 139486
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / % possible obs: 97.1 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1DUZ

1duz


解像度: 2.2→38.85 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 387634.94 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 2713 2 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.222 134391 --
obs0.206 134391 94.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.11 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å23.97 Å23.94 Å2
2---0.88 Å24.56 Å2
3---0.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15716 0 0 1446 17162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 419 2 %
Rwork0.3 20366 -
obs-20366 87.4 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rfree: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / % reflection Rfree: 2 % / Rfactor Rwork: 0.3 / Rfactor obs: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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