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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1im2 | ||||||
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タイトル | HslU, Haemophilus Influenzae, Selenomethionine Variant | ||||||
要素 | ATP-DEPENDENT HSL PROTEASE ATP-BINDING SUBUNIT HSLU | ||||||
キーワード | CHAPERONE / AAA family | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Trame, C.B. / McKay, D.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: Structure of Haemophilus influenzae HslU protein in crystals with one-dimensional disorder twinning. 著者: Trame, C.B. / McKay, D.B. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: The Structures of HsIU and the ATP-dependent Protease HsIU-HsIV 著者: Bochtler, M. / Hartmann, C. / Song, H.K. / Bourenkov, G.P. / Bartunik, H.D. / Huber, R. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Mutational Studies on HslU and its Docking Mode with HslV 著者: Song, H.K. / Hartmann, C. / Ramachandran, R. / Bochtler, M. / Behrendt, R. / Moroder, L. / Huber, R. #3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000 タイトル: Crystal and Solution Structures of an HslUV Protease-Chaperone Complex 著者: Sousa, M.C. / Trame, C.B. / Tsuruta, H. / Wilbanks, S.M. / Reddy, V.S. / McKay, D.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1im2.cif.gz | 79.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1im2.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1im2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1im2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/im/1im2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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詳細 | There are 2 molecules in the asymetric unit, because of twinning we observe only one (ref entry 1G41). The biological structure consists of hexamer which packs into dodecamer with 622 symmetry. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50144.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) プラスミド: PRSET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P43773 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.45 Å3/Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: PEG 2000 MME, lithium sulphate, magnesium sulphate, zink sulphate, tricine, europium chloride, ADP, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5 / 波長: 0.925, 0.979, 1.068 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月3日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 47257 / Num. obs: 43125 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8.3 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1350 / Rsym value: 0.305 / % possible all: 61.3 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 190830 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 61.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1G41 解像度: 2.8→37.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 235868.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: TWINNING IN THE CRYSTAL PRODUCES THE P 622 SPACE GROUP AND AN EXTENDED UNIT CELL. REFINEMENT WAS PERFORMED IN THIS SETTING FOR ONE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. PLEASE SEE JOURNAL CITATION ...詳細: TWINNING IN THE CRYSTAL PRODUCES THE P 622 SPACE GROUP AND AN EXTENDED UNIT CELL. REFINEMENT WAS PERFORMED IN THIS SETTING FOR ONE MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT. PLEASE SEE JOURNAL CITATION FOR ADDITIONAL DETAILS.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.6 Å2 / ksol: 0.337 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 57.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→37.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 57.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.419 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.425 |