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万見
- PDB-1ilw: Crystal Structure of Pyrazinamidase/Nicotinamidase of Pyrococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilw
タイトルCrystal Structure of Pyrazinamidase/Nicotinamidase of Pyrococcus horikoshii
要素180 aa long hypothetical Pyrazinamidase/nicotinamidase
キーワードHYDROLASE / Pyrazinamide / pyrazinamidase / nicotinamidase / tuberculosis / cysteine hydrolase / amidase / Structural Genomics / BSGC structure funded by NIH / Protein Structure Initiative / PSI / Berkeley Structural Genomics Center
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridine nucleotide biosynthetic process / nicotinamidase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Du, X. / Kim, S.-H. / Berkeley Structural Genomics Center (BSGC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001
タイトル: Crystal structure and mechanism of catalysis of a pyrazinamidase from Pyrococcus horikoshii.
著者: Du, X. / Wang, W. / Kim, R. / Yakota, H. / Nguyen, H. / Kim, S.-H.
履歴
登録2001年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 180 aa long hypothetical Pyrazinamidase/nicotinamidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2221
ポリマ－20,2221
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.977, 43.418, 55.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 180 aa long hypothetical Pyrazinamidase/nicotinamidase


分子量: 20222.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: PET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)/SJS1244 / 参照: UniProt: O58727, nicotinamidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 22.5% PEG3350, 250 mM ammonium acetate, 100 mM sodium acetate, pH 4.6. Seeding., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
31 mMEDTA1drop
4100 mMsodium acetate1reservoirpH4.6
5250 mMammonium sulfate1reservoir
622.5 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→20 Å / Num. all: 9941 / Num. obs: 9862 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.246 % / Biso Wilson estimate: 6.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 42.5
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 17.4 / % possible all: 88
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.027
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.093

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a structure of the same protein obtained on MAD data

解像度: 2.05→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 899942.18 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh $ Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 954 9.8 %
Rwork0.1814 --
all0.1888 9837 -
obs-9760 99.2 %
原子変位パラメータBiso mean: 23.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å2-0.96 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3---1.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 0 88 1501
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 108 6.9 %
Rwork0.196 1465 -
obs--96.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 9761 / σ(F): 0 / Num. reflection Rfree: 955 / Rfactor obs: 0.181
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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