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- PDB-1ilt: X-RAY STRUCTURE OF INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST AT 2.0 ANGST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ilt
タイトルX-RAY STRUCTURE OF INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST AT 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION
要素INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-1 type I receptor antagonist activity / interleukin-1 type II receptor antagonist activity / interleukin-1, type I receptor binding / interleukin-1 receptor antagonist activity / interleukin-1, type II receptor binding / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / interleukin-1 receptor binding / insulin secretion / Interleukin-10 signaling ...interleukin-1 type I receptor antagonist activity / interleukin-1 type II receptor antagonist activity / interleukin-1, type I receptor binding / interleukin-1 receptor antagonist activity / interleukin-1, type II receptor binding / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / interleukin-1 receptor binding / insulin secretion / Interleukin-10 signaling / response to glucocorticoid / cytokine activity / acute-phase response / Interleukin-1 signaling / lipid metabolic process / immune response / inflammatory response / centrosome / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 receptor antagonist/Interleukin-36 / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-1 receptor antagonist protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Brandhuber, B.J. / Vigers, G.P.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: X-ray structure of interleukin-1 receptor antagonist at 2.0-A resolution.
著者: Vigers, G.P. / Caffes, P. / Evans, R.J. / Thompson, R.C. / Eisenberg, S.P. / Brandhuber, B.J.
履歴
登録1994年3月9日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS A1 AND B1 ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY A SIX-STRANDED BETA- ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS A1 AND B1 ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY A SIX-STRANDED BETA-BARREL. THIS IS REPRESENTED BY A SEVEN-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST
B: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2912
ポリマ－34,2912
非ポリマー00
水00
1
A: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1451
ポリマ－17,1451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1451
ポリマ－17,1451
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.110, 71.110, 112.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 53 / 2: CIS PROLINE - PRO B 53
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.530352, 0.829762, 0.173845), (-0.697784, -0.310782, -0.645378), (-0.481482, -0.463584, 0.743818)
ベクター: 11.1712, 93.6653, 78.1377)
詳細TWO INDEPENDENT MOLECULES PER UNIT CELL. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *B* WHEN APPLIED TO CHAIN *A*.

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-1 RECEPTOR ANTAGONIST / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 17145.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18510

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.72 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contained 1:1 mixture of precipitant and recombinant IL-lra
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
121 mg/mlIL-lra1drop
210 mMMOPS1drop
330 %PEG80001reservoirprecipitant
40.6 M1reservoirprecipitantNaCl
550 mMMES1reservoirprecipitant

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / % possible obs: 95.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.236 -
obs0.236 19076
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数286 0 0 0 286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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