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- PDB-1il8: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN 8 IN SOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1il8
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF INTERLEUKIN 8 IN SOLUTION
要素INTERLEUKIN-8
キーワードCYTOKINE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development / neutrophil activation / induction of positive chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development / neutrophil activation / induction of positive chemotaxis / positive regulation of neutrophil chemotaxis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / neutrophil chemotaxis / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / response to molecule of bacterial origin / receptor internalization / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / cellular response to tumor necrosis factor / heparin binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / G alpha (i) signalling events / intracellular signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Three-dimensional structure of interleukin 8 in solution.
著者: Clore, G.M. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Gronenborn, A.M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Determination of the Secondary Structure of Interleukin-8 by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Clore, G.M. / Appella, E. / Yamada, M. / Matsushima, K. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1990年3月8日処理サイト: BNL
改定 1.01991年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INTERLEUKIN-8
B: INTERLEUKIN-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8042
ポリマ－16,8042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 INTERLEUKIN-8


分子量: 8401.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POTENTIAL / 参照: UniProt: P10145
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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解析

NMR software
名称開発者分類
DISGEOHAVEL精密化
X-PLORBRUNGER精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURE DETERMINATION. THE METHOD USED TO DETERMINE AND REFINE THE STRUCTURE IS THE HYBRID DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING METHOD (M. NILGES, G.M. CLORE, A.M. GRONENBORN, FEBS LETT. ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION. THE METHOD USED TO DETERMINE AND REFINE THE STRUCTURE IS THE HYBRID DISTANCE GEOMETRY-SIMULATED ANNEALING METHOD (M. NILGES, G.M. CLORE, A.M. GRONENBORN, FEBS LETT. 229, 317, (1988)) USING THE PROGRAMS *DISGEO* (T.F. HAVEL, QCPE NO. 507, INDIANA UNIVERSITY) AND *XPLOR* (A.T. BRUNGER, YALE UNIVERSITY, NEW HAVEN, CT 06511). STRUCTURAL STATISTICS - RMS DEVIATION FROM EXPERIMENTAL RESTRAINTS *(1)* RESTRAINT TYPE NUMBER OF RESTRAINTS RMS (ANGSTROMS) ALL 1880 0.029 INTRASUBUNIT SHORT RANGE 784 0.020 INTERRESIDUE LONG RANGE 370 0.026 INTRARESIDUE 540 0.042 HBOND *(2)* 104 0.028 INTERSUBUNIT INTERPROTON 70 0.014 HBOND 12 0.000 POTENTIAL ENERGY TERMS TYPE ENERGY (KCAL/MOL) F(NOE) *(3)* 48. F(TOR) *(4)* 0.98 F(REPEL) *(5)* 37. F(SYM) *(6)* 424. LENNARD-JONES VAN DER WAALS ENERGY (E(L-J)) CALCULATED USING THE *CHARMM* EMPIRICAL ENERGY FUNCTION IS -474 KCAL/MOL. IT IS NOT INCLUDED INTO THE TARGET FUNCTION FOR SIMULATED ANNEALING. DEVIATIONS FROM IDEALIZED GEOMETRY *(7)* TYPE TOTAL NUMBER RMS DEVIATION BONDS 2392 0.011 (ANGSTROMS) ANGLES 4362 2.458 (DEGREES) IMPROPERS 882 0.485 (DEGREES) NOTES. *(1)* THE RMS DEVIATION FROM THE EXPERIMENTAL RESTRAINTS IS CALCULATED WITH RESPECT TO THE UPPER AND LOWER LIMITS OF THE DISTANCE RESTRAINTS. NONE OF THE STRUCTURES EXHIBITED VIOLATIONS GREATER THAN 0.3 ANGSTROMS. *(2)* FOR EACH BACKBONE HYDROGEN BOND THERE ARE TWO RESTRAINTS - R(NH-O) 1.7 TO 2.3 ANGSTROMS AND R(N-O) 2.4 TO 3.3 ANGSTROMS. *(3)* THE VALUES OF THE SQUARE-WELL NOE POTENTIAL 50 KCAL/MOL/ANGSTROM**2. *(4)* THE VALUES OF F(PHI) ARE CALCULATED WITH A FORCE CONSTANT OF 200 KCAL/MOL/RAD**2. F(PHI) IS A SQUARE-WELL DIHEDRAL POTENTIAL WHICH IS USED TO RESTRICT THE RANGES OF TORSION ANGLES. *(5)* THE VALUE OF THE VAN DER WAALS REPULSION TERM F(REPEL) IS CALCULATED WITH A FORCE CONSTANT OF 4 KCAL/MOL/ANGSTROM**4 WITH THE HARD SPHERE VAN DER WAALS RADII SET TO 0.8 TIMES THE STANDARD VALUES USED IN THE *CHARMM* EMPIRICAL ENERGY FUNCTION. *(6)* F(SYM) IS AN EFFECTIVE HARMONIC POTENTIAL USED TO MAINTAIN SYMMETRY BETWEEN THE TWO SUBUNITS WITH A FORCE CONSTANT SET TO 300.0 KCAL/MOL/ANGSTROMS**2 *(7)* THE IMPROPER TERMS SERVE TO MAINTAIN PLANARITY AND APPROPRIATE CHIRALITY. THEY ALSO MAINTAIN THE PEPTIDE BONDS OF ALL RESIDUES (WITH THE EXCEPTION OF PROLINES) IN THE TRANS CONFORMATION. IN THE DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING CALCULATIONS. A TOTAL OF 30 STRUCTURES CONSISTENT WITH THE NMR DATA WERE CALCULATED. THIS ENTRY REPRESENTS THE COORDINATES OBTAINED BY AVERAGING THE COORDINATES OF THE 29 INDIVIDUAL STRUCTURES AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO FURTHER RESTRAINED MINIMIZATION. THE COORDINATES OF THE 30 STRUCTURES ARE GIVEN IN THE PROTEIN DATA BANK ENTRY *2IL8*. THE 3D STRUCTURE OF THE INTERLEUKIN-8 DIMER IN SOLUTION DERIVED FROM NMR EXPERIMENTS IS BASED ON 1880 EXPERIMENTAL DISTANCE RESTRAINTS (OF WHICH 82 ARE INTERSUBUNIT) AND 362 TORSION ANGLE RESTRAINTS DERIVED FROM NOE AND COUPLING CONSTANT MEASUREMENTS. A COMPLETE LIST OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS HAS BEEN DEPOSITED WITH THE BROOKHAVEN PROTEIN DATA BANK AND IS LOCATED IN ENTRY R1IL8MR. THE THERMAL PARAMETERS GIVEN IN THIS ENTRY REPRESENT THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL STRUCTURES AND THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE FIVE N-TERMINAL RESIDUES ARE ILL-DEFINED. THE CYS 9 - CYS 50 DISULFIDE BRIDGE IS LEFT-HANDED.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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