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- PDB-1ikg: MICHAELIS COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH A SPECIFI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ikg
タイトルMICHAELIS COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT
要素D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / MICHAELIS COMPLEX / PEPTIDOGLYCAN / PENICILLIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-REX / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mcdonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structures of two kinetic intermediates reveal species specificity of penicillin-binding proteins.
著者: McDonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: A 1.2-A SNAPSHOT OF THE FINAL STEP OF BACTERIAL CELL WALL BIOSYNTHESIS
著者: LEE, W. / MCDONOUGH, M.A. / KOTRA, L. / LI, Z.H. / SILVAGGI, N.R. / TAKEDA, Y. / KELLY, J.A. / MOBASHERY, S.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: BINDING OF CEPHALOTHIN AND CEFOTAXIME TO D-ALA-D-ALA-PEPTIDASE REVEALS A FUNCTIONAL BASIS OF A NATURAL MUTATION IN A LOW-AFFINITY PENICILLIN-BINDING PROTEIN AND IN EXTENDED-SPECTRUM BETA-LACTAMASES
著者: KUZIN, A.P. / LIU, H. / KELLY, J.A. / KNOX, J.R.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: THE REFINED CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A DD-PEPTIDASE PENICILLIN-TARGET ENZYME AT 1.6 A RESOLUTION
著者: KELLY, J.A. / KUZIN, A.P.
履歴
登録2001年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7972
ポリマ－37,4231
非ポリマー3741
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.873, 66.828, 100.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE / DD-PEPTIDASE


分子量: 37422.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces sp. (バクテリア) / 株: R61
参照: UniProt: P15555, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物 ChemComp-REX / GLYCYL-L-ALPHA-AMINO-EPSILON-PIMELYL-D-ALANYL-D-ALANINE / グリシル-L-α-アミノ-ε-ピメリル-D-Ala-D-Ala


分子量: 374.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
150 mMsodium phosphate1reservoirpH6.8
230 %(w/v)PEG80001reservoir
35 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年11月13日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→28 Å / Num. all: 28134 / Num. obs: 26003 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique all: 2978 / Rsym value: 0.086 / % possible all: 70
反射
*PLUS
最低解像度: 28 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 130497 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 10

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
X-GENデータ削減
CNS精密化
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3PTE

3pte


解像度: 1.9→27.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 155199.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1279 5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all0.1612 27606 --
obs0.15 25556 92.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.12 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 9.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.11 Å20 Å20 Å2
2--1.82 Å20 Å2
3---1.29 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 3
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.15 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2602 0 26 355 2983
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.161.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.142
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.762.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 162 5.2 %
Rwork0.159 2978 -
obs--69.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3REX.PARAMREX.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 28 Å / Rfactor all: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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