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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ikg | ||||||
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タイトル | MICHAELIS COMPLEX OF STREPTOMYCES R61 DD-PEPTIDASE WITH A SPECIFIC PEPTIDOGLYCAN SUBSTRATE FRAGMENT | ||||||
![]() | D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / MICHAELIS COMPLEX / PEPTIDOGLYCAN / PENICILLIN BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mcdonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of two kinetic intermediates reveal species specificity of penicillin-binding proteins. 著者: McDonough, M.A. / Anderson, J.W. / Silvaggi, N.R. / Pratt, R.F. / Knox, J.R. / Kelly, J.A. #1: ![]() タイトル: A 1.2-A SNAPSHOT OF THE FINAL STEP OF BACTERIAL CELL WALL BIOSYNTHESIS 著者: LEE, W. / MCDONOUGH, M.A. / KOTRA, L. / LI, Z.H. / SILVAGGI, N.R. / TAKEDA, Y. / KELLY, J.A. / MOBASHERY, S. #2: ![]() タイトル: BINDING OF CEPHALOTHIN AND CEFOTAXIME TO D-ALA-D-ALA-PEPTIDASE REVEALS A FUNCTIONAL BASIS OF A NATURAL MUTATION IN A LOW-AFFINITY PENICILLIN-BINDING PROTEIN AND IN EXTENDED-SPECTRUM BETA-LACTAMASES 著者: KUZIN, A.P. / LIU, H. / KELLY, J.A. / KNOX, J.R. #3: ![]() タイトル: THE REFINED CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A DD-PEPTIDASE PENICILLIN-TARGET ENZYME AT 1.6 A RESOLUTION 著者: KELLY, J.A. / KUZIN, A.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 419.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 420.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37422.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P15555, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase |
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#2: 化合物 | ChemComp-REX / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: PEG 8000, SODIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年11月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28 Å / Num. all: 28134 / Num. obs: 26003 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 7.7 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 2.4 % / Num. unique all: 2978 / Rsym value: 0.086 / % possible all: 70 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 28 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 130497 / Rmerge(I) obs: 0.044 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / % possible obs: 70 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 10 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3PTE 解像度: 1.9→27.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 155199.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.12 Å2 / ksol: 0.373 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.9 Å2
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Refine analyze | Num. disordered residues: 3
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 28 Å / Rfactor all: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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