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- PDB-1ijq: Crystal Structure of the LDL Receptor YWTD-EGF Domain Pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijq
タイトルCrystal Structure of the LDL Receptor YWTD-EGF Domain Pair
要素LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR
キーワードLIPID TRANSPORT / beta-propeller
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / negative regulation of astrocyte activation / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance ...receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / negative regulation of astrocyte activation / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / negative regulation of microglial cell activation / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / clathrin heavy chain binding / negative regulation of receptor recycling / intestinal cholesterol absorption / low-density lipoprotein particle receptor activity / Chylomicron clearance / low-density lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / response to caloric restriction / LDL clearance / high-density lipoprotein particle clearance / regulation of protein metabolic process / lipoprotein catabolic process / phospholipid transport / low-density lipoprotein particle / cholesterol transport / endolysosome membrane / cellular response to fatty acid / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / regulation of cholesterol metabolic process / artery morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / sorting endosome / amyloid-beta clearance / lipoprotein particle binding / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / long-term memory / phagocytosis / retinoid metabolic process / Retinoid metabolism and transport / cholesterol metabolic process / clathrin-coated pit / somatodendritic compartment / receptor-mediated endocytosis / cholesterol homeostasis / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / lipid metabolic process / endocytosis / positive regulation of inflammatory response / apical part of cell / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome / amyloid-beta binding / virus receptor activity / protease binding / basolateral plasma membrane / molecular adaptor activity / early endosome / endosome membrane / lysosome / receptor complex / negative regulation of gene expression / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / Golgi apparatus / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site ...: / TolB, C-terminal domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / 6 Propeller / Neuraminidase / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Jeon, H. / Meng, W. / Takagi, J. / Eck, M.J. / Springer, T.A. / Blacklow, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Implications for familial hypercholesterolemia from the structure of the LDL receptor YWTD-EGF domain pair.
著者: Jeon, H. / Meng, W. / Takagi, J. / Eck, M.J. / Springer, T.A. / Blacklow, S.C.
履歴
登録2001年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR
B: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1872
ポリマ－71,1872
非ポリマー00
水21,2581180
1
A: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5931
ポリマ－35,5931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5931
ポリマ－35,5931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.284, 76.284, 265.445
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 LOW-DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR / LDL RECEPTOR


分子量: 35593.398 Da / 分子数: 2 / 断片: YWTD-E3 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / プラスミド: PEF1-V5-HIS / Cell (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHOlec / 参照: UniProt: P01130
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1180 / 断片: YWTD-E3 DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000,2-propanol,HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
310 %(v/v)2-propanol1reservoir
420 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11081
21081
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
シンクロトロンCHESS A110.909
回転陽極RIGAKU RU20021.5418
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2000年1月28日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE2000年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9091
21.54181
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 543455 / Num. obs: 127540 / % possible obs: 88.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 22.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 1.5→1.56 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / % possible all: 55.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 543455
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CCP4モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CNS位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 6270 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
all0.21 ---
obs0.208 127456 86.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 53.1313 Å2 / ksol: 0.48116 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.74 Å21.33 Å20 Å2
2--1.74 Å20 Å2
3----3.49 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: -0.03 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4863 0 0 1180 6043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.6
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 490 2.7 %
Rwork0.277 8919 -
obs--52.8 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS,ARP/WARP / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Rfactor Rfree: 0.277 / % reflection Rfree: 2.7 % / Rfactor Rwork: 0.277

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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