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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ij2 | ||||||
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タイトル | GCN4-pVTL Coiled-coil Trimer with Threonine at the a(16) position | ||||||
要素 | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / GCN4 coiled coil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding ...protein localization to nuclear periphery / FCERI mediated MAPK activation / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / Oxidative Stress Induced Senescence / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / amino acid biosynthetic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of cell cycle / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Akey, D.L. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Buried polar residues in coiled-coil interfaces. 著者: Akey, D.L. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ij2.cif.gz | 31.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ij2.ent.gz | 24 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ij2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ij2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ij/1ij2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4018.702 Da / 分子数: 3 / 断片: COILED COIL REGION / 変異: N16T / 由来タイプ: 合成 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. IT IS naturally found in SACCHAROMYCES CEREVISIAE (YEAST). The peptide is a variant of the yeast GCN4 coiled coil region made by solid phase synthesis. 参照: UniProt: P03069 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.3 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 25 mM cadmium sulfate, 1 M sodium acetate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: sparse matrix method | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 9836 / Num. obs: 9570 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 63455 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 99.2 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 664684.17 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 65.12 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 9
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 32.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.358 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.334 |