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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iit | ||||||
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タイトル | GLUR0 LIGAND BINDING CORE COMPLEX WITH L-SERINE | ||||||
![]() | Slr1257 protein | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / SAME FOLD AS PBPS | ||||||
機能・相同性 | ![]() kainate selective glutamate receptor complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity / modulation of chemical synaptic transmission 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mayer, M.L. / Olson, R. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanisms for ligand binding to GluR0 ion channels: crystal structures of the glutamate and serine complexes and a closed apo state. 著者: Mayer, M.L. / Olson, R. / Gouaux, E. #1: ![]() タイトル: FUNCTIONAL CHARACTERIZATION OF A POTASSIUM-SELECTIVE PROKARYOTIC GLUTAMATE RECEPTOR 著者: CHEN, G.-Q. / CUI, C. / MAYER, M.L. / GOUAUX, E. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE NATIVE GLURO IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED BY THE AUTHOR IS THE ...SEQUENCE NATIVE GLURO IS A MEMBRANE PROTEIN. THE PROTEIN CRYSTALLIZED BY THE AUTHOR IS THE EXTRACELLULAR LIGAND BINDING DOMAIN OF GLURO. TRANSMEMBRANE REGIONS WERE GENETICALLY REMOVED AND REPLACED WITH A THR LINKER. THE SEQUENCE, AS A RESULT, MATCHES DISCONTINUOUSLY WITH THE REFERENCE DATABASE. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 442.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25565.977 Da / 分子数: 1 / 断片: GLUR0 LIGAND BINDING CORE, RESIDUES 44-140, 256-385 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: PCC6803 / 遺伝子: slr1257, slr1257 GluR0 / プラスミド: pETGQ / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SER / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 38% MPD, 0.2 M LiCl, 0.1 M Na Acetate, 10 mM L-Serine, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / PH range low: 4.8 / PH range high: 4.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 18810 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 20.29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 27.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.69 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Mean I/σ(I) obs: 19.3 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 131611 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å /
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.325 / Rfactor Rwork: 0.295 |