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万見
- PDB-1iio: NMR-Based Structure of the Conserved Protein MTH865 from the Arch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iio
タイトルNMR-Based Structure of the Conserved Protein MTH865 from the Archea Methanobacterium thermoautotrophicum
要素conserved hypothetical protein MTH865
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / 4-helical bundle / monomer
機能・相同性MTH865-like / Uncharacterised protein family MTH865 / MTH865-like superfamily / MTH865-like family / Recoverin; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
データ登録者Lee, G.M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / McIntosh, L.P.
引用ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 2001
タイトル: NMR-based structure of the conserved protein MTH865 from the archaeon Methanobacterium thermoautotrophicum.
著者: Lee, G.M. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / McIntosh, L.P.
履歴
登録2001年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: conserved hypothetical protein MTH865


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6821
ポリマ－8,6821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 conserved hypothetical protein MTH865


分子量: 8681.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
生物種: Methanothermobacter thermautotrophicus / 株: delta H / 遺伝子: ORF 865 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q04926

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1224D 13C/15N-separated NOESY
1332D NOESY
2423D 13C-separated methyl-methyl NOESY
NMR実験の詳細Text: The backbone and sidechain chemical shifts were assigned manually using standard 3D heternuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM MTH865 U-15N; 50mM PO4 buffer, 50mM NaCl, 5mM DTT, 3mM NaN390% H2O/10% D2O
20.5mM MTH865 U-15N,13C; 50mM PO4 buffer, 50mM NaCl, 5mM DTT, 3mM NaN390% H2O/10% D2O
30.5mM MTH865 U-15N,10%-13C; 50mM PO4 buffer, 50mM NaCl, 5mM DTT, 3mM NaN399% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150mM NaCl 6.51ambient 303 K
250mM NaCl 6.51ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY5001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1bVarian, Inc.collection
Felix95.0 and 2000Molecular Simulations, Inc.解析
Felix95.0 and 2000Molecular Simulations, Inc.データ解析
ARIA/CNS1Nilges, M. (ARIA); Brunger, A. (CNS)構造決定
ARIA/CNS1Nilges, M. (ARIA); Brunger, A. (CNS)精密化
TALOS1Cornilescu, F., Delaglio, F., Bax, A.データ解析
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1492 UNAMBIGUOUS AND 544 AMBIGUOUS ARIA-DERIVED NOE RESTRAINTS (BASED ON 17 ITERATIONS) WERE USED FOR THE STRUCTURE CALCULATION AND REFINEMENT. 50 PAIRS OF PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE AND 26 ...詳細: 1492 UNAMBIGUOUS AND 544 AMBIGUOUS ARIA-DERIVED NOE RESTRAINTS (BASED ON 17 ITERATIONS) WERE USED FOR THE STRUCTURE CALCULATION AND REFINEMENT. 50 PAIRS OF PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE AND 26 PAIRS OF HYDROGEN-BOND RESTRAINTS WERE ALSO INCLUDED IN THE CALCULATIONS. DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS WERE CALCULATED USING TALOS, WHILE HYDROGEN BOND RESTRAINTS WERE DERIVED FROM A 15/1H-HSQC H2O-D2O EXCHANGE STUDY. THE STRUCTURE ENSEMBLE INCLUDES THREE ADDITIONAL RESIDUES AT THE N-TERMINUS (GLY-SER-HIS), RESULTING FROM THE PROTEOLYTIC CLEAVAGE OF A HIS6 AFFINITY TAG. RESIDUE NUMBERING BEGINS WITH GLY-3 AND ENDS WITH LEU81
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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