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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1iic | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Saccharomyces cerevisiae N-myristoyltransferase with Bound MyristoylCoA | ||||||
![]() | PEPTIDE N-myristoyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / N-terminal peptidyl-glycine N-myristoylation / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase / glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase activity / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Farazi, T.A. / Waksman, G. / Gordon, J.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Saccharomyces cerevisiae N-myristoyltransferase with bound myristoylCoA and peptide provide insights about substrate recognition and catalysis. 著者: Farazi, T.A. / Waksman, G. / Gordon, J.I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 494.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49013.973 Da / 分子数: 2 断片: N-myristoyltransferase (N-terminal 33 residues deleted) 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NMT / プラスミド: pBB501 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14743, glycylpeptide N-tetradecanoyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: PEG 4000, ammonium acetate, sodium cacodylate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月10日 / 詳細: Yale Mirrors |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 53396 / Num. obs: 48952 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / Rsym value: 4.8 / Net I/σ(I): 19.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 13.4 / % possible all: 79.59 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 341253 / Rmerge(I) obs: 0.048 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2NMT 解像度: 2.2→27.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1973354.52 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.26 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→27.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.275 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor Rwork: 0.232 |