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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ii0 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE ESCHERICHIA COLI ARSENITE-TRANSLOCATING ATPASE | ||||||
![]() | ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / ArsA ATPase / ATP binding site | ||||||
機能・相同性 | ![]() arsenite-transporting ATPase / ATPase-coupled arsenite transmembrane transporter activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhou, T. / Radaev, S. / Rosen, B.P. / Gatti, D.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conformational changes in four regions of the Escherichia coli ArsA ATPase link ATP hydrolysis to ion translocation. 著者: Zhou, T. / Radaev, S. / Rosen, B.P. / Gatti, D.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 240 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 187.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 64084.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 384分子 ![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/TAS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/ATP.gif)
![](data/chem/img/TAS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG3000, ATP, MgCl2, NaAsO2, CdCl2, Bistrispropane, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 30 ℃ / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.6 Å / Num. all: 316955 / Num. obs: 316955 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 46952 / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 316955 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34 Å2 / ksol: 0.322 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor obs: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.21 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 40.2 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.341 / % reflection Rfree: 9.7 % / Rfactor Rwork: 0.303 |