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- PDB-1ihw: SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihw
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE, NMR, 40 STRUCTURES
要素HIV-1 INTEGRASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / POLYPROTEIN (タンパク質分解)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell ...nucleotidyltransferase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell / lipid binding / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily ...Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / SH3 type barrels. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Lodi, P.J. / Ernst, J.A. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase.
著者: Lodi, P.J. / Ernst, J.A. / Kuszewski, J. / Hickman, A.B. / Engelman, A. / Craigie, R. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録1995年5月12日処理サイト: BNL
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 INTEGRASE
B: HIV-1 INTEGRASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2782
ポリマ－12,2782
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 INTEGRASE


分子量: 6139.186 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NMR, 40 STRUCTURES
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04586

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99 - 103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92 - 96) AND 1H CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL., 1995 J. MAGN RESON. SERIES B IN PRESS) RESTRAINTS THE 3D STRUCTURE OF THE HUMAN SRY-DNA COMPLEX SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 2386 EXPERIMENTAL RESTRAINTS (FOR THE DIMER): (A) INTRASUBUNIT: 332 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 202 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 530 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES 318 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 74 DISTANCE RESTRAINTS FOR 37 HYDROGEN BONDS; 192 TORSION ANGLE (98 PHI, 20 PSI, 50 CHI1 AND 24 CHI2) RESTRAINTS; 78 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 194 (100 CALPHA AND 94 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS; AND 392 1H CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS (102 CAH, 52 METHYL AND 238 OTHERS). (B) 44 INTERSUBUNIT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (C) 30 AMBIGUOUS INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS THAT CAN ARISE FROM INTRA AND/OR INTERSUBUNIT INTERACTIONS. THE STRUCTURE FOUND IN PDB ENTRY 1IHV IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE AND THE LAST COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 40 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES FOUND IN THIS ENTRY ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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