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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ihv | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA BINDING DOMAIN OF HIV-1 INTEGRASE, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE | ||||||
要素 | HIV-1 INTEGRASE | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA-BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / AIDS (後天性免疫不全症候群) / POLYPROTEIN (タンパク質分解) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleotidyltransferase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell ...nucleotidyltransferase activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / endonuclease activity / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / symbiont entry into host cell / lipid binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 溶液NMR | ||||||
データ登録者 | Clore, G.M. / Lodi, P.J. / Ernst, J.A. / Gronenborn, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995 タイトル: Solution structure of the DNA binding domain of HIV-1 integrase. 著者: Lodi, P.J. / Ernst, J.A. / Kuszewski, J. / Hickman, A.B. / Engelman, A. / Craigie, R. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ihv.cif.gz | 48.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ihv.ent.gz | 36 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ihv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ihv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ihv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6139.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirusレンチウイルス属 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04586 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software | 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化 | ||||||||||||
精密化 | ソフトェア番号: 1 詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING ...詳細: THE STRUCTURES WERE CALCULATED USING THE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL OF NILGES ET AL. (1988) FEBS LETT. 229, 129 - 136 USING THE PROGRAM XPLOR 3.1 (BRUNGER) MODIFIED TO INCORPORATE COUPLING CONSTANT (GARRETT ET AL. (1984) J. MAGN RESON. SERIES B 104, 99 - 103), CARBON CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL. (1995) J. MAGN. RESON. SERIES B 106, 92 - 96) AND 1H CHEMICAL SHIFT (KUSZEWSKI ET AL., 1995 J. MAGN RESON. SERIES B IN PRESS) RESTRAINTS. THE 3D STRUCTURE OF HIV-1 INTEGRASE SOLVED BY MULTI-DIMENSIONAL HETERONUCLEAR-EDITED AND -FILTERED NMR IS BASED ON 2386 EXPERIMENTAL RESTRAINTS (FOR THE DIMER): (A) INTRASUBUNIT: 332 SEQUENTIAL (|I-J|=1), 202 MEDIUM RANGE (1 < |I-J| >=5) AND 530 LONG RANGE (|I-J| >5) INTERRESIDUES 318 INTRARESIDUE APPROXIMATE INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS; 74 DISTANCE RESTRAINTS FOR 37 HYDROGEN BONDS; 192 TORSION ANGLE (98 PHI, 20 PSI, 50 CHI1 AND 24 CHI2) RESTRAINTS; 78 THREE-BOND HN-HA COUPLING CONSTANT RESTRAINTS; 194 (100 CALPHA AND 94 CBETA) 13C SHIFT RESTRAINTS; AND 392 1H CHEMICAL SHIFT RESTRAINTS (102 CAH, 52 METHYL AND 238 OTHERS). (B) 44 INTERSUBUNIT INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS (C) 30 AMBIGUOUS INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS THAT CAN ARISE FROM INTRA AND/OR INTERSUBUNIT INTERACTIONS. THE STRUCTURE IN THIS ENTRY IS THE RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE AND THE LAST COLUMN REPRESENTS THE RMS OF THE 40 INDIVIDUAL SIMULATED ANNEALING STRUCTURES FOUND IN PDB ENTRY 1IHW ABOUT THE MEAN COORDINATE POSITIONS. THE LAST COLUMN IN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES HAS NO MEANING. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: REGULARIZED MEAN STRUCTURE 登録したコンフォーマーの数: 1 |