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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ihg | ||||||
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タイトル | Bovine Cyclophilin 40, monoclinic form | ||||||
要素 | Cyclophilin 40 | ||||||
キーワード | ISOMERASE / PPIASE IMMUNOPHILIN TETRATRICOPEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to UV-A / lipid droplet organization / cyclosporin A binding / transcription factor binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / positive regulation of viral genome replication / chaperone-mediated protein folding / Hsp70 protein binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity ...cellular response to UV-A / lipid droplet organization / cyclosporin A binding / transcription factor binding / protein peptidyl-prolyl isomerization / positive regulation of viral genome replication / chaperone-mediated protein folding / Hsp70 protein binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / nuclear estrogen receptor binding / Hsp90 protein binding / protein transport / protein folding / protein-containing complex assembly / positive regulation of apoptotic process / nucleolus / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Taylor, P. / Dornan, J. / Carrello, A. / Minchin, R.F. / Ratajczak, T. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2001 タイトル: Two structures of cyclophilin 40: folding and fidelity in the TPR domains. 著者: Taylor, P. / Dornan, J. / Carrello, A. / Minchin, R.F. / Ratajczak, T. / Walkinshaw, M.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ihg.cif.gz | 92.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ihg.ent.gz | 69.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ihg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ihg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ihg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40678.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: PET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26882, peptidylprolyl isomerase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: PEG 4000, MES Glycerol Sodium Chloride, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87 / 波長: 0.87 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月10日 |
放射 | モノクロメーター: Single Crystal Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→28 Å / Num. all: 41259 / Num. obs: 41259 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.448 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.67 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Mean I/σ(I) obs: 9.03 / Num. unique all: 1769 / % possible all: 87.3 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.05 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CYCLOPHILIN A 解像度: 1.8→24 Å / Num. parameters: 13223 / Num. restraintsaints: 11467 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→24 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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