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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ih7 | ||||||
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タイトル | High-Resolution Structure of Apo RB69 DNA Polymerase | ||||||
要素 | DNA POLYMERASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / DNA polymerase / fingers / palm / thumb | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bidirectional double-stranded viral DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Enterobacteria phage RB69 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / phase extension / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Franklin, M.C. / Wang, J. / Steitz, T.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001 タイトル: Structure of the Replicating Complex of a Pol alpha Family DNA Polymerase 著者: Franklin, M.C. / Wang, J. / Steitz, T.A. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997 タイトル: Crystal Structure of a Pol alpha Family Replication DNA Polymerase from Bacteriophage RB69 著者: Wang, J. / Sattar, A.K. / Wang, C.C. / Karam, J.D. / Konigsberg, W.H. / Steitz, T.A. #2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999 タイトル: Building a Replisome from Interacting Pieces: Sliding Clamp Complexed to a Peptide from DNA Polymerase and a Polymerase Editing Complex 著者: Shamoo, Y. / Steitz, T.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ih7.cif.gz | 200.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ih7.ent.gz | 157.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ih7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ih7_validation.pdf.gz | 828.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ih7_full_validation.pdf.gz | 848.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ih7_validation.xml.gz | 37.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ih7_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ih/1ih7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Each monomer constitutes a functional assembly. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104743.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB69 (ファージ) 属: T4-like viruses / 遺伝子: gp43 / プラスミド: pRB.43 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38087, DNA-directed DNA polymerase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GMP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.57 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Sodium citrate, sodium/potassium tartrate, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 6.25 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.913 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月8日 / 詳細: double crystal monochromator |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.913 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 88785 / Num. obs: 88785 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 31.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.737 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 4352 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.1 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: phase extension 開始モデル: PDB entry 1WAJ, with all non-protein atoms removed 解像度: 2.21→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 533579.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 立体化学のターゲット値: Engh and Huber, as implemented in CNS 詳細: This refinement extended the previous apo-RB69 polymerase structure to higher resolution.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.24 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.21→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 20
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.9 % / Rfactor all: 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 48.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.368 / % reflection Rfree: 10.6 % / Rfactor Rwork: 0.328 |