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- PDB-1ih0: Structure of the C-domain of Human Cardiac Troponin C in Complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ih0
タイトルStructure of the C-domain of Human Cardiac Troponin C in Complex with Ca2+ Sensitizer EMD 57033
要素TROPONIN C, SLOW SKELETAL AND CARDIAC MUSCLES
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Ca2+ binding protein / Ca2+ Sensitizer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion ...regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / myosin II complex / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EMD / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, X. / Li, M.X. / Spyracopoulos, L. / Beier, N. / Chandra, M. / Solaro, R.J. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structure of the C-domain of human cardiac troponin C in complex with the Ca2+ sensitizing drug EMD 57033.
著者: Wang, X. / Li, M.X. / Spyracopoulos, L. / Beier, N. / Chandra, M. / Solaro, R.J. / Sykes, B.D.
履歴
登録2001年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TROPONIN C, SLOW SKELETAL AND CARDIAC MUSCLES
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7584
ポリマ－8,2521
非ポリマー5063
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30all calculated structures submitted
代表モデルモデル #11closest to the minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 TROPONIN C, SLOW SKELETAL AND CARDIAC MUSCLES / TN-C


分子量: 8252.034 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 91-161) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: cTnC / プラスミド: pET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: P63316
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-EMD / 5-[1-(3,4-DIMETHOXY-BENZOYL)-1,2,3,4-TETRAHYDRO-QUINOLIN-6-YL]-6-METHYL-3,6-DIHYDRO-[1,3,4]THIADIAZIN-2-ONE / EMD-57033


分子量: 425.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N3O4S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNHA
121HNHB
1313D-13C/15N-NOESY
141HCCHTOCSY
1513D 15N-separated NOESY
161HN(CA)CB
NMR実験の詳細Text: The structure of the protein was determined using multidimensional NMR spectroscopy. The structure of EMD 57033 in the complex was determined using 15N/13C-filtered-NOESY and DIPSI experiments. ...Text: The structure of the protein was determined using multidimensional NMR spectroscopy. The structure of EMD 57033 in the complex was determined using 15N/13C-filtered-NOESY and DIPSI experiments. The contacts between protein and EMD 57033 were determined using 15N/13C-filtered/edited experiments.

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試料調製

詳細内容: ~1mM C-domain of Cardiac Troponin C. 100mM KCl 10mM Imidazole 1mM DSS ~1mM EMD 57033 trace DMSO-d6
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Unity InovaVarianUnity Inova5001
Varian UNITYVarianUNITY6002
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS8003

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解析

NMR software名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 開発者: Brunger, A. / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: ~1000 NOE restraints were used. 61 dihedral restraints as well as 14 NOE restraints between drug and protein.
代表構造選択基準: closest to the minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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