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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igz | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Linoleic acid Bound in the Cyclooxygenase Channel of Prostaglandin Endoperoxide H Synthase-1. | |||||||||
要素 | Prostaglandin Endoperoxide H Synthase-1 | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / membrane protein / fatty acid / linoleic acid / peroxidase / dioxygenase | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle ...prostaglandin-endoperoxide synthase / prostaglandin-endoperoxide synthase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / cyclooxygenase pathway / prostaglandin biosynthetic process / peroxidase activity / regulation of blood pressure / response to oxidative stress / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Ovis aries (ヒツジ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Malkowski, M.G. / Thuresson, E.D. / Smith, W.L. / Garavito, R.M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Structure of eicosapentaenoic and linoleic acids in the cyclooxygenase site of prostaglandin endoperoxide H synthase-1. 著者: Malkowski, M.G. / Thuresson, E.D. / Lakkides, K.M. / Rieke, C.J. / Micielli, R. / Smith, W.L. / Garavito, R.M. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Mutational and X-ray Crystallographic analysis of the Interaction of Dihomo-Gamma-Linolenic Acid with Prostaglandin Endoperoxide H Synthases. 著者: Thuresson, E.D. / Malkowski, M.G. / Lakkides, K.M. / Rieke, C.J. / Mulichak, A.M. / Ginell, S.L. / Garavito, R.M. / Smith, W.L. #2: ジャーナル: Science / 年: 2000 タイトル: The Productive Conformation of Arachidonic Acid Bound to Prostaglandin Synthase. 著者: Malkowski, M.G. / Ginell, S.L. / Smith, W.L. / Garavito, R.M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1igz.cif.gz | 127.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1igz.ent.gz | 96.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1igz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 66164.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 器官: seminal vessicle 参照: GenBank: 165844, UniProt: P05979*PLUS, prostaglandin-endoperoxide synthase |
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-糖 , 5種, 6分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
#5: 糖 | ChemComp-BGC / |
#6: 糖 |
-非ポリマー , 3種, 86分子
#7: 化合物 | ChemComp-COH / |
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#8: 化合物 | ChemComp-EIC / |
#9: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.15 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: lithium chloride, sodium azide, citric acid, n-octyl-glucoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0332 Å |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 22730 / Num. obs: 22684 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 21898 / % possible obs: 93 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1DIY 解像度: 2.9→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 4 % / Rfactor obs: 0.235 / Rfactor Rfree: 0.271 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.364 / Rfactor Rwork: 0.342 |