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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1igy | |||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN | |||||||||
要素 | (IGG1 INTACT ANTIBODY MAB61.1.3) x 2 | |||||||||
キーワード | IMMUNOGLOBULIN / INTACT IMMUNOGLOBULIN / V REGION / C REGION / HINGE REGION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity ...Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Harris, L.J. / McPherson, A. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Crystallographic structure of an intact IgG1 monoclonal antibody. 著者: Harris, L.J. / Skaletsky, E. / McPherson, A. #1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995 タイトル: Crystallization of Intact Monoclonal Antibodies 著者: Harris, L.J. / Skaletsky, E. / McPherson, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1igy.cif.gz | 290.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1igy.ent.gz | 239.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1igy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1igy_validation.pdf.gz | 623.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1igy_full_validation.pdf.gz | 700.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1igy_validation.xml.gz | 35.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1igy_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/1igy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | THERE IS ONE ENTIRE ANTIBODY MOLECULE PER ASYMMETRIC UNIT. |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23519.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY, AGAINST PHENOBARBITAL 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 309359, UniProt: P01837*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 47906.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: HYBRIDOMA MONOCLONAL ANTIBODY, AGAINST PHENOBARBITAL 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 194362, UniProt: P01869*PLUS #3: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | 配列の詳細 | THE INTACT ANTIBODY IS NUMBERED ACCORDING TO THE CONVENTION OF E. KABAT [KABAT ET AL. (1991) ...THE INTACT ANTIBODY IS NUMBERED ACCORDING TO THE CONVENTION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % |
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結晶化 | pH: 5.1 詳細: 4 MICROLITERS OF 8.7 MG/ML MAB 61.1.3, 2 MICROLITERS OF 50 MILLIMOLAR SODIUM CITRATE PH 5, 1 MICROLITER OF N-TRIDECYL-B-D-MALTOSIDE, AND 5 MICROLITERS OF 12% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 700 ...詳細: 4 MICROLITERS OF 8.7 MG/ML MAB 61.1.3, 2 MICROLITERS OF 50 MILLIMOLAR SODIUM CITRATE PH 5, 1 MICROLITER OF N-TRIDECYL-B-D-MALTOSIDE, AND 5 MICROLITERS OF 12% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 700 MICROLITERS OF 12% PEG 3350, AT ROOM TEMPERATURE (CRYSCHEM PLATE)., pH 5.1 Temp details: room temp |
結晶 | *PLUS |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Harris, L.J., (1995) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 23, 285. PH range low: 5 / PH range high: 4.5 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 12 %(w/v) / 一般名: PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.15 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年6月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: CRYSTAL TYPE SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.15 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→99 Å / Num. obs: 27971 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 45.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 6.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: VL:VH DOMAIN PAIR OF PDB ENTRY 1MCP, CL:CH1 DOMAIN PAIR OF PDB ENTRY 2HFL, FC FRAGMENT OF PDB ENTRY 1IGT 解像度: 3.2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE LOWER HINGE REGION OF CHAIN B WAS DISORDERED BUT MODELED STEREOCHEMICALLY.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 19081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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