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- PDB-1igw: Crystal Structure of the Isocitrate Lyase from the A219C mutant o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1igw
タイトルCrystal Structure of the Isocitrate Lyase from the A219C mutant of Escherichia coli
要素Isocitrate lyase
キーワードLYASE / BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate lyase / cation binding / isocitrate lyase activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / ICL/PEPM domain / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRUVIC ACID / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Britton, K.L. / Abeysinghe, I.S.B. / Baker, P.J. / Barynin, V. / Diehl, P. / Langridge, S.J. / McFadden, B.A. / Sedelnikova, S.E. / Stillman, T.J. / Weeradechapon, K. / Rice, D.W.
引用
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Use of Chemical Modification in the Crystallization of Isocitrate Lyase from Escherichia coli
著者: Abeysinghe, S.I. / Baker, P.J. / Rice, D.W. / Rodgers, H.F. / Stillman, T.J. / Ko, Y.H. / McFadden, B.A. / Nimmo, H.G.
履歴
登録2001年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate lyase
B: Isocitrate lyase
C: Isocitrate lyase
D: Isocitrate lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,05533
ポリマ－190,3944
非ポリマー4,66229
水13,818767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32960 Å2
ΔGint-753 kcal/mol
Surface area52170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.650, 88.650, 199.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細The given tetramer defines the biological assembly

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate lyase / ISOCITRASE / ISOCITRATASE / ICL


分子量: 47598.395 Da / 分子数: 4 / 変異: A219C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aceA / プラスミド: pICL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JE10 / 参照: UniProt: P0A9G6, isocitrate lyase
#2: 化合物...
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: MEPEG 2000, magnesium chloride, ethyl mercury thiosalicylate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.1 MHEPES1drop
25 mM1dropMgCl2
320-22 %(w/v)mPEG20001reservoir
45 mMEMTS1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.5 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月19日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.3 Å / Num. all: 188246 / Num. obs: 96329 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Num. unique all: 6893 / % possible all: 91.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 188246
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.3 % / Num. unique obs: 6893 / Num. measured obs: 13435

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
TFFCモデル構築
直接法モデル構築
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
TFFC位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→15 Å / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.235 4666 RANDOM
Rwork0.184 --
all0.187 88762 -
obs0.187 88762 -
原子変位パラメータBiso mean: 31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12616 0 61 755 13432
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 31 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.6
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor obs: 0.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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